Biopython中成对爆炸的问题

Question

我尝试在python脚本中使用biopython blast工具在两个序列之间运行成对爆炸。

通过向blast_cline添加参数db='blast_database'，我对本地数据库运行爆炸没有任何问题。但是，如果我用subject='tmp_subject.fas'替换这个参数，它就不起作用了。

我的代码：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline

blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5, out='tmp.xml')

blast_cline()

我收到此错误消息：

Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 3 from 'blastn -out tmp.xml -outfmt 5 -query tmp_query.fas -evalue 1 -subject tmp_subject.fas', message 'BLAST engine error: Empty CBlastQueryVector'

Answer 1

这应该工作：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5)()[0]
print(blast_cline)