如何修改ggplot2 stat_density_2d等高线图密度缩放？

Question

我正在使用两列表，试图制作出密度等高线图。 “ HiChIP_VillusvsCrypt”是x轴，“ RNAseq_VillusvsCrypt”是y轴。If you see in this attached image, there is a legend with the density scaling from 0 to 0.2. I would like to be able to play around with this scaling, if possible (i.e. set bounds between 0 and 0.1).我感谢任何建议！

library(ggplot2)
df1 <- data.frame(HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt$HiChIP_log2FC_VillusvsCrypt, HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt$RNAseq_log2FC_VillusvsCrypt)
ggplot(df1, aes(df$HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt.HiChIP_log2FC_VillusvsCrypt, df$HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt.RNAseq_log2FC_VillusvsCrypt))+                       
  stat_density_2d(aes(fill = ..level.. ), geom = "polygon")+scale_x_continuous(name="HiChIP_VillusvsCrypt", limits=c(-4,4))+scale_y_continuous(name="RNASeq_VillusvsCrypt", limits=c(-4,4))

Answer 1

我无法复制您的示例代码，因此我将用标准数据集替代以说明我的观点。

玩边界只是在颜色/填充上设置限制，并确保oob参数合适。

假设我们有以下情节。

library(ggplot2)

myplot <- ggplot(faithful, aes(eruptions, waiting)) +
  stat_density_2d(aes(fill = after_stat(level)),
                  geom = "polygon") +
  xlim(1, 6) +
  ylim(35, 100)
myplot

我们可以按照以下限制进行游戏：

myplot + scale_fill_continuous(limits = c(0, 0.01), 
                               oob = scales::squish)

^{由reprex package（v0.3.0）在2020-04-15创建}

如果要在基础值上设置乘数，则可以如下使用aes()函数：

aes(fill = after_stat(level * 10))

注意after_stat()功能需要ggplot2 v3.3.0。较早的版本使用stat()，甚至较旧的语法也要使用..myvariable..。