如何通过标签从基因库文件中提取特征？

Question

我正在尝试解析genbank文件以查找特定功能。如果我知道特征类型（例如repeat_region），则可以将其拔出-例如，如果我正在寻找此特征：

 repeat_region   5623..5756
                 /label=5' ITR
                 /note="5' ITR"

我知道我可以使用：

for feature in reference.features:
if feature.type == "repeat_region":
    print(feature.location)

但是我不相信它将永远是一个repeat_region。相反，我想按标签（5'ITR）查找它。我似乎可以找到一种从要素对象中进行解析的方法。有什么建议吗？

Answer 1

我建议尝试使用ElementTree库；它将把genbank xml文件解析为字典，然后您应该能够将/ label标记作为键来访问。