使用Bio.Entrez模块从GenBank检索数据

Question

我正在尝试解决Rosalind的一个挑战，我似乎无法找到在特定时间范围内检索数据的方法。

http://rosalind.info/problems/gbk/

是/如何修改Entrez.esearch（）以指定时间范围？

Question：

Given：属名，后跟YYYY / M / D格式的两个日期。

Return：在指定日期之间发布的给定属的Nucleotide GenBank条目数。

测试数据：

• 黄花
• 2003/7/25
• 2005/12/27

答案：7

Answer 1

非常感谢@Kayvee的指针！它就像一个魅力！

这是一种通过'在起始端之间发布'搜索有机体的格式：

(Anthoxanthum[Organism]) AND ("2003/7/25"[Publication Date] : "2005/12/27"[Publication Date])

这是Python代码：

# GenBank gene database
geneName = "Anthoxanthum"
pubDateStart = "2003/7/25"
pubDateEnd = "2005/12/27"
searchTerm = f'({geneName}[Organism]) AND("{pubDateStart}"[Publication Date]: "{pubDateEnd}"[Publication Date])'

print(f"\n[GenBank gene database]:")
Entrez.email = "[email protected]"
handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", term=searchTerm)
record = Entrez.read(handle)
print(record["Count"])