如何使用PCcli命令生成数百个肽段坐标？

Question

有一个 PCcli 命令可以构建给定肽序列的 .pdb 文件，但是我无法理解如何将它用于数百个肽序列。单肽的用法是这样的：

pip 安装肽构造器

PCcli -s AaDdKSQym -o 输出.pdb

这里 -s 标志后面的字符是肽序列，-o 标志用于命名输出 .pdb 文件。我在 .csv 文件中有一个肽序列列表，并且想使用 PCcli 命令生成这些序列的 .pdb。

假设我有 100 个序列，并使用 pd.read_csv 读取“序列”列。

df = pd.read_csv("肽序列.csv")

然后，通过 for 循环，我尝试将每个序列行放在 -s 标志之后，并以相同的方式将序列名称赋予输出 .pdb 文件。

对于范围（100）内的 i：

PCcli -s str(df.loc[i,'Sequences']) -o str(df.loc[i,'Sequences']).pdb

但是，我遇到了无效语法错误。您能帮我使用该命令吗？我也将不胜感激其他使用建议。对于前。映射序列

Answer 1

您可以使用

subprocess.call

：

from subprocess import call

for seq in df['Sequences']:
    call(['PCcli', '-s', seq, '-o', f'{seq}.pdb'])