特定于组的MPI排名到单个处理单元

Question

我有一个MPI应用程序（比如说-np 6），在该应用程序中，我提前知道MPI等级0, 2,and 3与等级1, 4, and 5相比在计算上非常轻巧，我想通过将等级0, 2, and 3固定到相同的物理处理单元。然后，将引脚1, 4, and 5分别分配给各自的物理处理单元。

我知道有很多MPI风格，语法也有所不同，但是我找不到任何实际决定各个等级位置的东西，而不仅仅是指定统一的2 ppn或类似的东西。但是我必须想象这是可能的，我只是不确定它会落在哪里，固定吗？捆绑？映射？等等

感谢您的帮助！

Answer 1

Open MPI支持所谓的等级文件，该文件指定每个等级到主机的映射以及该主机上的处理元素。您可以在man page for mpiexec中看到更多信息（链接是v2.1随附的文档，例如Ubuntu 18.04 LTS，但在新版本中也基本相同），但是假设您可以使用at在单个主机上运行所有内容至少4个CPU内核，rankfile将类似于：

mpiexec

其中

rank 0=hostname slot=0
rank 1=hostname slot=1
rank 2=hostname slot=0
rank 3=hostname slot=0
rank 4=hostname slot=2
rank 5=hostname slot=3

是主机名，可能是hostname。

这里是一个例子：

首先，一个小的实用程序脚本localhost，它显示当前MPI等级的CPU相似性：

show_affinity

第二，样本

#!/bin/bash

echo "$OMPI_COMM_WORLD_RANK: $(grep Cpus_allowed_list /proc/self/status)"

：

rankfile

使用该rankfile的

rank 0=localhost slot=0
rank 1=localhost slot=1
rank 2=localhost slot=0
rank 3=localhost slot=0
rank 4=localhost slot=2
rank 5=localhost slot=3

的MPI启动：

show_affinity

CPU启用了超线程，因此每个等级都绑定到两个硬件线程。