Snakemake无法读取R中的完整文件吗？

Question

我在执行量化（kallisto / salmon）后，使用一些快速的R脚本来绑定文件。问题是，我得到一个R错误，说我的输入文件长度不一样，所以cbind（）无法工作。显然不是这种情况，它们全都是16887行（用bash wc检查），并且在R上运行良好，没有蛇行。

还值得一提的是，我的确得到了随机数样本的输出（〜1至4）。

这里是R代码：

sample <- read.table(snakemake@input[[1]], sep = "\t", header = TRUE)
if (!file.exists(snakemake@params[[1]])) {
  merge <- data.frame(sample)
} else {
  merge1 <- read.table(snakemake@params[[1]], sep = "\t", header = TRUE)
  merge <- cbind(merge1, sample[,2, drop=F])
}
write.table(merge, snakemake@params[[1]], sep = "\t", quote = F, row.names = F)
file.create(snakemake@output[[1]])

和snakemake规则：

rule merge_quantif:
        input:
            QUANTIF+"/{sample}/quantif.txt"
        output:
            QUANTIF+"/{sample}/merge.done"
        params:
            QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"
        script:
            "Tools/merge_quantif.R"

我的文件是这样的：

Gene    R1
A1BG    0.287571
A1CF    0
A2M 0.198756
A2ML1   0
A2MP1   0
A3GALT2 0
A4GALT  3.098108

并且输出应该是这样，但有所有17个样本

Gene    R4  R8  R15 R13
A1BG    0.337515    0.284943    0.488654    0.587114
A1CF    0   0   0   0
A2M 0   0   0.105159    0.009539

如果有人有想法解决这个问题，将不胜感激。

------------编辑修改后的R代码以配合使用：

sample <- snakemake@input

merge <- read.table(sample[[1]], sep = "\t", header = T)
for (i in 2:length(sample)) {
  x <- read.table(sample[[i]], sep = "\t", header = T)
  merge <- merge(merge, x, by="Gene")
}

write.table(merge, snakemake@output[[1]], sep = "\t", quote = F, row.names = F)

Answer 1

我认为问题是可能对每个样本并行执行规则merge_quantif，即17次。但是，每次运行merge_quantif都会写入相同的输出文件（QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"），因为在R脚本中您具有write.table(merge, snakemake@params[[1]], ...)。我怀疑这会导致问题，或者至少不是理想的设置。我怀疑您想要的是类似的东西：

rule merge_quantif:
        input:
            expand(QUANTIF+"/{sample}/quantif.txt", sample= list_of_samples)
        output:
            QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"
        script:
            "Tools/merge_quantif.R"

Tools/merge_quantif.R逐个读取输入文件列表，将其合并，最后将合并后的文件写入QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"