在不更改FASTA中的标题的情况下将'u'转换为't'

Question

我试图弄清楚如何在不破坏标头的情况下将混合的DNA / RNA multifasta变成仅DNA的格式。我的知识以

结尾

sed 's/u/t/g'

但是这显然会影响标题。有没有一种方法可以避免使用sed更改标头，还是应该使用其他命令？我应该找什么？

Answer 1

使用sed，很容易说“仅在选定的行上执行此操作”。通用语法为地址 命令，其中地址可以是一个正则表达式，仅匹配第一个字符不是>的行。

sed '/^[^>]/s/u/t/g' file.fasta >newfile.fasta
第一个^表示行的开头；字符类[^>]与不（换行符或）>的单个字符匹配。