snakefile的各种迭代都给出相同的错误

Question

我正在尝试将snakemake用于生物信息学管道。为了测试它，我制作了以下snakefile。

我有一个包含各种fastq.gz文件的目录（例如K1_R1.fastq.gz，K1_R2.fastq.gz，K2_R1.fastq.gz等），并且我正在其中运行fastqc。

SAMPLES = [ "K1", "K2", "W1", "W2" ]
REPLICATE = ['R1', 'R2']

PathtoWD = '/home/hbanduk/scratch/working_projects_2020/'

rule fastqc:
    input:
        "expand(PathtoWD + "/raw_data/{sample}_{replicate}.fastq.gz", sample=SAMPLES, replicate=REPLICATE)"
    output:
         PathtoWD + "/fastqc_raw_reads/{sample}_{replicate}_fastqc.zip",
         PathtoWD + "/fastqc_raw_reads/{sample}_{replicate}_fastqc.html"
    shell:
        "fastqc {input} -o /home/hbanduk/scratch/working_projects_2020/fastqc_raw_reads"

当我跑步时，

snakemake -np snakefile

我收到以下错误：

SyntaxError in line 9 of 
/scratch/hbanduk/working_projects_2020/Snakefile:
invalid syntax

我已经尝试过对该文件进行许多排列，但是我一直收到相同的错误（有时是其他行）。

任何输入将不胜感激。

Answer 1

Chris_Rands关于双引号内的双引号的观点应解决语法错误，但是您可能希望完全删除expand()周围的引号。即：

expand(PathtoWD + "/raw_data/{sample}_{replicate}.fastq.gz", sample=SAMPLES, replicate=REPLICATE)

代替

"expand(...)"