dplyr总结:等效“.drop = FALSE”以保持组输出长度为零

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当使用summariseplyrddply函数时,默认情况下会删除空类别。您可以通过添加.drop = FALSE来更改此行为。但是,当使用summarisedplyr时,这不起作用。还有另一种方法可以在结果中保留空类别吗?

这是假数据的一个例子。

library(dplyr)

df = data.frame(a=rep(1:3,4), b=rep(1:2,6))

# Now add an extra level to df$b that has no corresponding value in df$a
df$b = factor(df$b, levels=1:3)

# Summarise with plyr, keeping categories with a count of zero
plyr::ddply(df, "b", summarise, count_a=length(a), .drop=FALSE)

  b    count_a
1 1    6
2 2    6
3 3    0

# Now try it with dplyr
df %.%
  group_by(b) %.%
  summarise(count_a=length(a), .drop=FALSE)

  b     count_a .drop
1 1     6       FALSE
2 2     6       FALSE

不完全是我所希望的。是否有dplyr方法可以在.drop=FALSE中获得与plyr相同的结果?

r dplyr plyr tidyr
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由于dplyr 0.8 group_by获得了.drop论证,这正是你所要求的:

df = data.frame(a=rep(1:3,4), b=rep(1:2,6))
df$b = factor(df$b, levels=1:3)

df %>%
  group_by(b, .drop=FALSE) %>%
  summarise(count_a=length(a))

#> # A tibble: 3 x 2
#>   b     count_a
#>   <fct>   <int>
#> 1 1           6
#> 2 2           6
#> 3 3           0

使用@ Moody_Mudskipper的答案还有一个注意事项:当一个或多个分组变量未被编码为因子时,使用.drop=FALSE可能会产生意外结果。见下面的例子:

library(dplyr)
data(iris)

# Add an additional level to Species
iris$Species = factor(iris$Species, levels=c(levels(iris$Species), "empty_level"))

# Species is a factor and empty groups are included in the output
iris %>% group_by(Species, .drop=FALSE) %>% tally

#>   Species         n
#> 1 setosa         50
#> 2 versicolor     50
#> 3 virginica      50
#> 4 empty_level     0

# Add character column
iris$group2 = c(rep(c("A","B"), 50), rep(c("B","C"), each=25))

# Empty groups involving combinations of Species and group2 are not included in output
iris %>% group_by(Species, group2, .drop=FALSE) %>% tally

#>   Species     group2     n
#> 1 setosa      A         25
#> 2 setosa      B         25
#> 3 versicolor  A         25
#> 4 versicolor  B         25
#> 5 virginica   B         25
#> 6 virginica   C         25
#> 7 empty_level <NA>       0

# Turn group2 into a factor
iris$group2 = factor(iris$group2)

# Now all possible combinations of Species and group2 are included in the output, 
#  whether present in the data or not
iris %>% group_by(Species, group2, .drop=FALSE) %>% tally

#>    Species     group2     n
#>  1 setosa      A         25
#>  2 setosa      B         25
#>  3 setosa      C          0
#>  4 versicolor  A         25
#>  5 versicolor  B         25
#>  6 versicolor  C          0
#>  7 virginica   A          0
#>  8 virginica   B         25
#>  9 virginica   C         25
#> 10 empty_level A          0
#> 11 empty_level B          0
#> 12 empty_level C          0

Created on 2019-03-13 by the reprex package (v0.2.1)

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这个问题仍然存在,但与此同时,特别是因为您的数据已经被考虑在内,您可以使用“tidyr”中的complete来获取您可能正在寻找的内容:

library(tidyr)
df %>%
  group_by(b) %>%
  summarise(count_a=length(a)) %>%
  complete(b)
# Source: local data frame [3 x 2]
# 
#        b count_a
#   (fctr)   (int)
# 1      1       6
# 2      2       6
# 3      3      NA

如果您希望替换值为零,则需要使用fill指定:

df %>%
  group_by(b) %>%
  summarise(count_a=length(a)) %>%
  complete(b, fill = list(count_a = 0))
# Source: local data frame [3 x 2]
# 
#        b count_a
#   (fctr)   (dbl)
# 1      1       6
# 2      2       6
# 3      3       0

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dplyr解决方案:

首先制作分组df

by_b <- tbl_df(df) %>% group_by(b)

然后我们通过用n()计数来总结那些发生的水平

res <- by_b %>% summarise( count_a = n() )

然后我们将结果合并到一个包含所有因子水平的数据框中:

expanded_res <- left_join(expand.grid(b = levels(df$b)),res)

最后,在这种情况下,因为我们正在查看计数,所以NA值更改为0。

final_counts <- expanded_res[is.na(expanded_res)] <- 0

这也可以在功能上实现,请参阅答案:Add rows to grouped data with dplyr?

黑客:

为了感兴趣,我想我会在这种情况下发布一个可怕的黑客攻击。我严重怀疑你应该真的这样做,但它显示了group_by()如何生成atrributes,好像df$b是一个字符向量而不是水平因素。此外,我并没有假装正确地理解这一点 - 但我希望这有助于我学习 - 这是我发布它的唯一原因!

by_b <- tbl_df(df) %>% group_by(b)

定义数据集中不存在的“越界”值。

oob_val <- nrow(by_b)+1

将属性修改为“技巧”summarise()

attr(by_b, "indices")[[3]] <- rep(NA,oob_val)
attr(by_b, "group_sizes")[3] <- 0
attr(by_b, "labels")[3,] <- 3

做总结:

res <- by_b %>% summarise(count_a = n())

索引并替换所有出现的oob_val

res[res == oob_val] <- 0

给出了预期的:

> res
Source: local data frame [3 x 2]

b count_a
1 1       6
2 2       6
3 3       0

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这不完全是问题中的问题,但至少对于这个简单的例子,您可以使用xtabs获得相同的结果,例如:

使用dplyr:

df %>%
  xtabs(formula = ~ b) %>%
  as.data.frame()

或更短:

as.data.frame(xtabs( ~ b, df))

结果(两种情况都相同):

  b Freq
1 1    6
2 2    6
3 3    0
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