模块化：为模块使用 GitHub 存储库中的 config.yaml 文件

Question

我想使用现有的

snakemake

工作流程（

technology_data

）作为

module

进入另一个工作流程（我们称之为

w

）。目前，我手动下载（每当设置新工作流时）technology_data 的

GitHub 存储库

到所需位置，并将其作为子工作流包含在

w

中。

现在我想按原样包含

technology_data

，即将GitHub存储库中包含的

config.yaml

作为

w

.

包括到工作流

module

中

我的

Snakefile

工作流程

w

现在是：

module technology_data:
    snakefile: github("PyPSA/technology-data", path="Snakefile", commit="5a10981")

use rule * from technology_data as technology_data_*

当我调用工作流的规则之一并出现以下错误时失败：

> snakemake -call technology_data_compile_cost_assumptions
...
WorkflowError in line 2 of https://github.com/PyPSA/technology-data/raw/5a10981/Snakefile:
Workflow defines configfile config.yaml but it is not present or accessible

我不想从存储库下载

config.yaml

，但我希望

Snakemake

与远程模块的其余部分自动处理它。

我在模块定义中尝试使用：

• configfile: github("PyPSA/technology-data", path="config.yaml", commit="5a10981")

  这不起作用（

  configfile

  不被

  module

  理解）

• config: snakemake.io.load_configfile(github("PyPSA/technology-data", path="config.yaml", commit="5a10981"))

  这也不管用

有没有好的解决方案让

snakemake

自动使用遥控器

config.yaml

？