ete3错误：无法翻译成出租车！ -生物信息学

Question

我在自己编写的生物信息学管道内的Python中使用ete3（http://etetoolkit.org/）包。

运行此脚本时，出现以下错误。对于没有任何问题并且没有给出任何错误的其他数据集，我已经大量使用了此脚本。我正在使用Python3.5和miniconda。解决此错误的任何修复/见解将不胜感激。

[错误]

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/bin/ete3", line 11, in <module>
    load_entry_point('ete3==3.1.1', 'console_scripts', 'ete3')()
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/tools/ete.py", line 95, in main
    _main(sys.argv)
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/tools/ete.py", line 268, in _main
    args.func(args)
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/tools/ete_ncbiquery.py", line 168, in run
    collapse_subspecies=args.collapse_subspecies)
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/ncbi_taxonomy/ncbiquery.py", line 434, in get_topology
    lineage = id2lineage[sp]
KeyError: 3

Answer 1

从注释部分继续，以获得更好的格式。

假设sp包含错误消息所建议的3（请自行检查）。您可以按照其定义检查ete3代码（current version），可以将其追溯到line：

    def get_lineage_translator(self, taxids):
        """Given a valid taxid number, return its corresponding lineage track as a
        hierarchically sorted list of parent taxids.

所以我去了https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi并检查3是否有效taxid，似乎无效。

# relevant section from ncbi taxonomy browser
No result found in the Taxonomy database for taxonomy id
3

在我看来，您唯一的选择是跟踪3的计算方式。因为根本原因仅仅是taxid 3不是函数要求的valid taxid number。