使用ggplot2定制素食pca图

Question

我正在尝试在ggplot2中制作一些纯素rda结果的自定义图。我基本上修改了Plotting RDA (vegan) in ggplot中的方向，因此我使用形状和颜色标签来传达有关采样点的一些信息。

我用素食主义者设置pca分析如下

library(vegan)
library(dplyr)
library(tibble)
library(ggplot2)
cbPalette <- c("#000000", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73",  "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7", "#F0E442")
data(dune)
data(dune.env)
dune.pca <- rda(dune)
uscores <- data.frame(dune.pca$CA$u)
uscores1 <- inner_join(rownames_to_column(dune.env), rownames_to_column(data.frame(uscores)), type = "right", by = "rowname")
vscores <- data.frame(dune.pca$CA$v)

我可以做一个简单的双时隙

 biplot(dune.pca)

现在，让我们说我想更多地了解这些不同样品所处理的管理条件。我将对它们进行颜色和形状编码并使用ggplot进行绘图。

p1 <- ggplot(uscores1, aes(x = PC1, y = PC2, col = Management,
                         shape = Management)) + 
geom_point() +
scale_color_manual(values=cbPalette) +
scale_fill_manual(values=cbPalette) +
scale_shape_manual(values = c(21:25)) +
theme_bw() +
theme(strip.text.y = element_text(angle = 0))
p1

接下来，我真的想添加一些双向箭头，向我们展示与物种丰度相对应的轴。我可以使用ggplot来绘制这些箭头，如下所示：

p2 <- ggplot() +  geom_text(data = vscores, aes(x = PC1, y = PC2, label = rownames(vscores)), col = 'red') +
geom_segment(data = vscores, aes(x = 0, y = 0, xend = PC1, yend = PC2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")),
            alpha = 0.75, color = 'darkred')
p2

我真的想做的是在同一个情节上得到那些箭头和点。目前这是我尝试使用的代码：

p3 <- p1 + geom_text(data = vscores, aes(x = PC1, y = PC2, label = rownames(vscores)), col = 'red') +
geom_segment(data = vscores, aes(x = 0, y = 0, xend = PC1, yend = PC2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")),
            alpha = 0.75, color = 'darkred')
p3

令我烦恼的是，这只会产生一个空白图（空窗口，没有错误信息）。很明显，我错过了一些东西或缩放了一些不正确关于如何最好地叠加最后两个图的任何建议？

Answer 1

尝试：

library(cowplot) #not needed I just had it attached while answering the question hence the theme.
library(ggplot2)

ggplot(uscores1) + 
      geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, col = Management,
                     shape = Management)) +
      scale_color_manual(values=cbPalette) +
      scale_fill_manual(values=cbPalette) +
      scale_shape_manual(values = c(21:25)) +
      geom_text(data = vscores, aes(x = PC1, y = PC2, label = rownames(vscores)), col = 'red') +
      geom_segment(data = vscores, aes(x = 0, y = 0, xend = PC1, yend = PC2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")),
                   alpha = 0.75, color = 'darkred')+
      theme_bw() +
      theme(strip.text.y = element_text(angle = 0))

p1的情节是通过col和shape变量Management到geom_text/geom_segment，因为他们没有在那里定义，但Management没有data = vscores列。至少我认为基于错误：

`Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'Management' not found`

Answer 2

检查github的ggvegan包。它仍然是0.0版本，目前还没有积极开发，但如果你说

library(ggvegan)
autoplot(dune.pca) # your result object

你得到这个图表，你可以用通常的ggplot2方式自定义各种美学。

Answer 3

您还应该看看GitHub上的ggordiplots（https://github.com/jfq3/ggordiplots）。它包括函数gg_env__fit，它将环境向量拟合到一个排序图。包中的所有函数都会静默地返回您可能用于修改绘图的数据框。该套餐包括修改情节的插图。您可以通过访问john-quensen.com并查看GitHub页面来阅读小插曲而无需安装软件包。