我可以仅使用PDB文件执行PCA（在python3.x中使用MDAnalysis吗？

Question

我可能比与代码相关的问题更具技术性。我尝试仅使用PDB文件执行PCA（带有MDAnalysis包）-该pdb文件包含100个对齐的结构（当然，它们是相同的-表示相同类型和数量的原子；这是在PyMol中完成的。）>

我将先前制作的代码用于具有标准轨迹的PCA，但返回错误“ 无法从单个轨迹框架收集协方差信息

。”

因此，我的假设是PCA不能仅使用PDB文件来完成，也可以，但是我没有正确的pdb输入。我想知道是否有人尝试过类似的方法或在MDAnalysis方面具有丰富的经验，并且可以给我任何建议（我是计算化学的新手）。

我认为不需要那么多代码，但是我附上了它：

import matplotlib.pyplot as plt
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis.pca import PCA
import numpy as np

u = mda.Universe("mypdb.pdb") 
ca = u.select_atoms('name CA')


pca = PCA(u, select='name CA').run()
n_pcs = np.where(pca.cumulated_variance > 0.95)[0][0]
reduced_data = pca.transform(ca, n_components=n_pcs)

plt.plot(pca.variance, "-o")

我可能比与代码相关的问题更具技术性。我尝试仅使用PDB文件执行PCA（带有MDAnalysis包）-此pdb文件包含100个对齐的结构（当然，它们是相同的-...

Answer 1

如果您的PDB文件被mdtraj视为“多帧” PDB文件（而不是单帧PDB），则必须用“ END”而不是“ TER”分隔每个构造。