替换没有键值对文件的fasta头

Question

尝试以下方法使用 bioawk 替换没有键值对的 fasta 标头

for infile in $(ls *.faa)
do
        prefix=$(basename $infile .faa)
        bioawk -c fastx '{ print ">"$prefix"_" ++i "\n"$seq }' < ${infile} > ${prefix}_hdrrn.faa
done

基本上，我想替换我的

中的标题

物种名称.faa

到

>species_name_1, >species_name_2....>species_name_n

问题是

$prefix

里面的

bioawk print

不起作用。我得到的错误是，

bioawk：非法字段$()，名称“前缀”输入记录号1，文件 源代码行号 1

为什么替代没有发生？

Answer 1

我猜测

$seq

应该是当前输入行的内容，即

$0

如果是这样那么你可能应该使用：

#!/usr/bin/env bash

outdir='/some/where'
mkdir -p "$outdir" || exit 1
for infile in *.faa
do
    prefix=""${infile%.*}"
    bioawk -c fastx -v pfx="$prefix" '{ print ">" pfx "_" NR ORS $0 }' < "$infile" > "${outdir}/${prefix}_hdrrn.faa"
done

请注意，我正在其他目录中创建输出文件，因此它们的名称不会与您的输入文件名冲突。