为什么 Snakemake 更喜欢使用脚本指令调用脚本而不是从 shell 调用？

Question

标准化工作流程中的Snakemake规则使用

script

指令运行Python脚本，例如这个模板规则：

rule XXXXX:
    input:
        ...,
    output:
        ....,
    params:
        ...,
    conda:
        "../envs/python.yaml"
    script:
        "../scripts/XXXX.py"

然后在脚本中，可以使用

snakemake

对象。然而，脚本随后与该规则紧密耦合，这似乎是一个很大的缺点。

为什么这种方法比使用调用脚本的 shell 的方法更受欢迎，例如在这条规则中？

rule XXXXX:
    input:
        ...,
    output:
        ....,
    params:
        absolute_script_path = ..., # get
        argument1 = ..., 
    conda:
        "../envs/python.yaml"
    shell:
        "python {params.absolute_script_path} {input} {params.argument1} > {output}"

在这种方法中，python 脚本与 Snakemake 规则分离。而且它看起来更有凝聚力，因为被调用的参数在规则中是明确的，而不是隐藏在脚本中。 我只是开始编写 Snakemake 工作流程，所以我只是一个初学者。我不明白为什么第一种方法比第二种方法更受欢迎（或用于标准化的 Snakemake 工作流程）？我错过了什么吗？第二种方法有问题吗？ 非常感谢您的回答！

Answer 1

script

方法在脚本可以通过

params

和其他指令访问的对象方面更加灵活。如果您遵循

shell

方法，您可能会发现（重新）定义

argparse

或其他方法以正确考虑通过

shell

传递的参数。它将主要是样板文件，但可能会有些乏味。

总而言之，没有硬性规定，因此一种或方法可能更适合/方便给定的工作流程。