将使用 SLEPc 获得的特征向量写入 C 中的文件

Question

我最近开始使用

SLEPc

对角化大型稀疏矩阵，利用

MPI

。一切正常，除了最后我想将特征向量写入文件时。我这样做：

PetscViewerASCIIOpen(PETSC_COMM_WORLD, "./data/eigvecs.txt", &viewer);
PetscViewerPushFormat(viewer, PETSC_VIEWER_ASCII_PYTHON);
EPSVectorsView(eps, viewer);

我用

mpiexec -n 3 ./app

运行我的代码。生成的文件

eigvecs.txt

看起来像这样：

Vec Object: Xr0_EPS_0x84000004_0 3 MPI processes
 type: mpi
Process [0]
-0.909229
0.415619
Process [1]
-0.00206267
0.00410161
Process [2]
0.0145993
0.01813
Vec Object: Xi0_EPS_0x84000004_0 3 MPI processes
 type: mpi
Process [0]
0.
0.
Process [1]
0.
0.
Process [2]
0.
0.

所以每个特征向量的分量是并行打印的，不同的特征向量之间用一串0隔开，也是并行打印的。

我的问题：有没有更好的方法来做到这一点？因为稍后我想在

python

或

julia

中读取此文件并进行一些计算。如果不是，以

python

或

julia

阅读此文件的最佳方式是什么？

谢谢！

Answer 1

不是转储到 ascii 并在输入时解析它，而是使用

PETSCVIEWERHDF5

转储 hdf5 文件，并使用 python 的 hdf5 模块读取文件。这样会更快，并且不会产生转换损失。