[首先，让我说我正在作为Python练习来这样做，而我不允许使用Biopython。
我正在编写一个脚本，可以帮助我解析从轨迹生成的任何.pdb文件。我正在尝试创建将chain变量与resNumber变量链接的字典。尽管我为只有2个链的特定.pdb文件解决了该问题，但无论链的数量如何，我都希望此脚本适用于任何.pdb文件。这是我写的：
import sys
pdbTraj = open('md20_aligned_3frames.pdb', 'r')
pdbTraj_line = pdbTraj.readlines()
newFile = open('newfile.txt', 'w')
pdbDict = {}
resNumberList1 = []
resNumberList2 = []
chainTry = "A"
for line in pdbTraj_line:
if line.startswith(("ATOM" or "HETATM")):
atomType = line[0:6]
atomSerialNumber = line[6:11]
atomName = line[12:16]
resName = line[17:20]
chain = line[21]
resNumber = line[22:26]
coorX = line[30:38]
coorY = line[38:46]
coorZ = line[46:54]
occupancy = line[54:60]
temperatureFact = line[60:66]
segmentIdentifier = line[72:76]
elementSymbol = line[76:78]
if chain == chainTry:
resNumberList1.append(resNumber)
pdbDict[chain] = list(dict.fromkeys(resNumberList1))
else:
resNumberList2.append(resNumber)
pdbDict[chain] = list(dict.fromkeys(resNumberList2))
print(pdbDict)
这是我得到的结果：
{'A': [' 1', ' 2', ' 3', ' 4', ' 5', ' 6', ' 7', ' 8', ' 9', ' 10', ' 11', ' 12', ' 13', ' 14', ' 15', ' 16', ' 17'], 'B': [' 19', ' 20', ' 21', ' 22', ' 23', ' 24', ' 25', ' 26', ' 27', ' 28', ' 29', ' 30', ' 31', ' 32', ' 33', ' 34', ' 35', ' 36', ' 37', ' 38', ' 39', ' 40', ' 41', ' 42', ' 43', ' 44', ' 45', ' 46', ' 47', ' 48', ' 49', ' 50', ' 51', ' 52', ' 53', ' 54', ' 55', ' 56', ' 57', ' 58', ' 59', ' 60', ' 61', ' 62', ' 63', ' 64', ' 65', ' 66', ' 67', ' 68', ' 69', ' 70', ' 71', ' 72', ' 73', ' 74', ' 75', ' 76', ' 77', ' 78', ' 79', ' 80', ' 81', ' 82', ' 83', ' 84', ' 85', ' 86', ' 87', ' 88', ' 89', ' 90', ' 91', ' 92', ' 93', ' 94', ' 95', ' 96', ' 97', ' 98', ' 99', ' 100', ' 101', ' 102', ' 103', ' 104', ' 105', ' 106', ' 107', ' 108', ' 109', ' 110', ' 111', ' 112', ' 113', ' 114', ' 115', ' 116', ' 117', ' 118', ' 119', ' 120', ' 121', ' 122', ' 123', ' 124', ' 125', ' 126', ' 127', ' 128', ' 129', ' 130', ' 131', ' 132', ' 133', ' 134', ' 135', ' 136', ' 137', ' 138', ' 139', ' 140', ' 141', ' 142', ' 143', ' 144', ' 145', ' 146', ' 147', ' 148', ' 149', ' 150', ' 151', ' 152', ' 153', ' 154', ' 155', ' 156', ' 157', ' 158', ' 159', ' 160', ' 161', ' 162', ' 163', ' 164', ' 165', ' 166', ' 167', ' 168', ' 169', ' 170', ' 171', ' 172', ' 173', ' 174', ' 175', ' 176', ' 177', ' 178', ' 179', ' 180', ' 181', ' 182', ' 183', ' 184', ' 185', ' 186', ' 187', ' 188', ' 189', ' 190', ' 191', ' 192', ' 193', ' 194', ' 195', ' 196', ' 197', ' 198', ' 199', ' 200', ' 201', ' 202', ' 203', ' 204', ' 205', ' 206', ' 207', ' 208', ' 209', ' 210', ' 211', ' 212', ' 213', ' 214', ' 215', ' 216', ' 217', ' 218', ' 219', ' 220', ' 221', ' 222', ' 223', ' 224', ' 225', ' 226', ' 227', ' 228', ' 229', ' 230', ' 231', ' 232', ' 233', ' 234', ' 235', ' 236', ' 237', ' 238', ' 239', ' 240', ' 241', ' 242', ' 243', ' 244', ' 245', ' 246', ' 247', ' 248', ' 249', ' 250', ' 251', ' 252', ' 253', ' 254', ' 255', ' 256', ' 257', ' 258', ' 259', ' 260', ' 261', ' 262', ' 263', ' 264', ' 265', ' 266', ' 267', ' 268', ' 269', ' 270', ' 271', ' 272', ' 273', ' 274', ' 275', ' 276', ' 277', ' 278', ' 279', ' 280', ' 281', ' 282', ' 283', ' 284', ' 285', ' 286', ' 287', ' 288', ' 289', ' 290', ' 291', ' 292', ' 293', ' 294', ' 295', ' 296', ' 297', ' 298', ' 299', ' 300', ' 301', ' 302', ' 303', ' 304', ' 305', ' 306', ' 307', ' 308', ' 309', ' 310', ' 311', ' 312', ' 313', ' 314', ' 315', ' 316', ' 317', ' 318', ' 319', ' 320', ' 321', ' 322', ' 323', ' 324', ' 325', ' 326', ' 327', ' 328', ' 329', ' 330', ' 331', ' 332', ' 333', ' 334', ' 335', ' 336', ' 337', ' 338', ' 339', ' 340', ' 341', ' 342', ' 343', ' 344', ' 345', ' 346', ' 347', ' 348', ' 349', ' 350', ' 351', ' 352', ' 353', ' 354', ' 355', ' 356', ' 357', ' 358', ' 359', ' 360', ' 361', ' 362', ' 363', ' 364', ' 365', ' 366', ' 367', ' 368', ' 369', ' 370', ' 371']}
所以，有2个键（链A和链B）和2个列表（链A的resNumber]和链B的resNumber）。
您能帮我将任何.pdb文件的脚本通用化吗？谢谢！
。pdb文件格式的前几行看起来像这样：
CRYST1 91.372 118.560 70.786 90.00 90.00 90.00 P 1 1 ATOM 1 N LYS A 1 10.246 29.908 8.932 0.00 0.00 A ATOM 2 HT1 LYS A 1 11.053 29.331 8.619 0.00 0.00 A ATOM 3 HT2 LYS A 1 10.405 30.386 9.842 0.00 0.00 A ATOM 4 HT3 LYS A 1 10.211 30.643 8.197 0.00 0.00 A ATOM 5 CA LYS A 1 9.010 29.017 8.844 0.00 0.00 A ATOM 6 HA LYS A 1 9.395 28.160 8.311 0.00 0.00 A ATOM 7 CB LYS A 1 8.484 28.723 10.313 0.00 0.00 A ATOM 8 HB1 LYS A 1 9.376 28.807 10.970 0.00 0.00 A ATOM 9 HB2 LYS A 1 7.797 29.544 10.609 0.00 0.00 A ATOM 10 CG LYS A 1 7.855 27.321 10.494 0.00 0.00 A ATOM 11 HG1 LYS A 1 7.016 27.501 11.199 0.00 0.00 A ATOM 12 HG2 LYS A 1 7.294 26.942 9.613 0.00 0.00 A ATOM 13 CD LYS A 1 8.769 26.282 10.991 0.00 0.00 A ATOM 14 HD1 LYS A 1 9.376 26.065 10.088 0.00 0.00 A ATOM 15 HD2 LYS A 1 9.476 26.682 11.750 0.00 0.00 A ATOM 16 CE LYS A 1 7.894 25.110 11.592 0.00 0.00 A ATOM 17 HE1 LYS A 1 7.347 25.505 12.475 0.00 0.00 A或者因此您也可以看到链B：
ATOM 3802 N TYR B 240 -9.050 -41.325 16.074 0.00 0.00 B ATOM 3803 HN TYR B 240 -8.672 -40.404 16.021 0.00 0.00 B ATOM 3804 CA TYR B 240 -10.166 -41.491 15.204 0.00 0.00 B ATOM 3805 HA TYR B 240 -9.685 -41.605 14.243 0.00 0.00 B ATOM 3806 CB TYR B 240 -10.940 -42.818 15.365 0.00 0.00 B ATOM 3807 HB1 TYR B 240 -10.241 -43.631 15.078 0.00 0.00 B ATOM 3808 HB2 TYR B 240 -11.241 -43.061 16.407 0.00 0.00 B ATOM 3809 CG TYR B 240 -12.233 -42.972 14.454 0.00 0.00 B ATOM 3810 CD1 TYR B 240 -12.102 -43.272 13.086 0.00 0.00 B ATOM 3811 HD1 TYR B 240 -11.100 -43.348 12.692 0.00 0.00 B ATOM 3812 CE1 TYR B 240 -13.248 -43.404 12.343 0.00 0.00 B ATOM 3813 HE1 TYR B 240 -13.093 -43.818 11.358 0.00 0.00 B如果需要有关.pdb文件格式的更多信息，则here是链接。
[首先，我首先要说这是我作为Python练习来做的，并且不允许我使用Biopython。我正在编写一个脚本，该脚本将帮助我解析从轨迹生成的任何.pdb文件。 ...
我的解决方法如下：