slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器，专为各种规模的Linux集群而设计。

我有一个示例脚本定义为： #!/usr/bin/env python def 测试（路径）：打印（路径）测试(snakemake.input[0]) config.yml 如下：执行者： slurm 职位：100 样本：“config/samples.csv&q...

python slurm snakemake

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使用 python 模块后跟 `-m` 语法，将单行 bash 命令的 `stdout` 和 `stderr` 导出到文本文件

我想将 bash 命令的 stdout 和 stderr 导出到同一个文本文件。 bash 命令是一个单行命令，调用 python3 后跟模块和函数的名称，

python python-3.x bash slurm

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如何获取分配给多 GPU 节点上的 SLURM 作业的 GPU ID？

当我使用选项 --gres=gpu:1 向具有两个 GPU 的节点提交 SLURM 作业时，如何获取为该作业分配的 GPU 的 ID？是否有用于此目的的环境变量？那个...

gpu nvidia slurm sbatch

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不一致的文档 - Slurm 配置文件在 Snakemake > 8.0 中不起作用

Snakemake 的 Slurm 配置文件为 Snakamake 版本提供了魅力 < 8.0. It stoped working since there are few big changes and renaming. Specifically, newer versions do not seem to detect ...

slurm snakemake

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停止 SLURM 作业的最正确方法

作为 SLURM + Snakemake 管道的一部分，我有一个脚本将数据库服务器作为 SLURM 作业启动，另一个脚本通过 scancel 停止它。可能不应该使用 HPC 批处理系统

slurm hpc

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Slurm 每个节点仅运行 1 个作业

我正在构建一个新的slurm集群，我不太熟悉资源如何分配。我有 4 个节点，每个节点有 32 个核心。当我提交作业时，每个节点只运行 1 个作业，其余的都在

cluster-computing slurm

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HPC（Slurm）上的 NetLogo，无需BehaviorSpace

我想稍微改变一下使用 Slurm 在 HPC 上运行 NetLogo 的工作流程。对于上下文，我并行运行大约 360 个模拟，每个模拟可能需要 5 到 7 天（我知道，效率不高）...

mpi netlogo slurm hpc pynetlogo

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如何使用salloc在Slurm中运行混合MPI和openmp程序

如何使用salloc在Slurm中运行混合MPI和openmp程序，可以使用以下命令指定 cpu 数量和 openmp 线程数量：salloc ?

mpi openmp slurm

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无法启动 slurmd 服务 slurmd：错误：线程计数 (32) 不是核心计数 (24) 的倍数

尝试设置 slurm 节点时，显示错误：线程计数 (32) 不是核心计数 (24) 的倍数 CPU是i9-13900ks，显示lscpu的信息是：架构：x8...

linux slurm linux-mint

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无法将 slurm 节点状态从无效更改为空闲

我正在尝试在使用 Ubunutu 22.04(WSL) 的单个节点上设置 slurm。我按照 https://drtailor.medium.com/how-to-setup-

slurm hpc

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Slurm - 如何运行 n 个 n 个作业列表？

我有一个必须在 slurm 监控的集群上运行的作业列表： srun job_1 srun job_2 srun job_3 ... 我想 6 x 6 运行这些作业，但我不确定正确的方法。谢谢...

cluster-computing jobs slurm

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Slurmctld：错误：mysql_real_connect失败：1045用户'root'@'localhost'访问被拒绝（使用密码：NO）

我无法解决以下问题： root@MyCluster:/opt/WorkLoadManager/slurm/23.11.5# systemctl 状态 slurmctld × slurmctld.service - Slurm 控制器守护进程已加载：已加载（/etc/systemd/s...

mariadb systemd slurm

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在slurm.conf中为节点设置Feature时，SLURM_JOB_CONSTRAINTS就变成了对应的env变量？

在 slurm.conf 我有 NodeName=node1 Gres=gpu:a100:2 CPU=60 ... 功能=hpcki 我从我的序言脚本开始。那么默认情况下变量 SLURM_JOB_CONSTRAINTS 是“hpcki”？就是这样...

slurm

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如何让squeue按提交时间排序

我想了解如何使用 squeue 按提交时间排序。我知道我可以使用队列，如下所示，这样它会显示提交时间， squeue -O "stepid:6,用户名:8,帐户:7,名称:53,分区:15,

slurm

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Slurm 的后处理队列

我的问题不是直接与 SLURM 相关，而是关于如何围绕它组织工作。我可以将我提交给 SLURM 的工作类型总结为两类：属于流程一部分的工作...

workflow slurm hpc organization

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如何找到已完成的 SLURM 作业的排队时间？

我正在尝试找到一种方法来查看已完成作业的等待时间，直到它们在以 SLURM 作为工作负载管理器的集群上启动为止。我知道“sacct”命令可以打印很多信息...

cluster-computing slurm sbatch sacct

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Slurm：无效的 qos 规范

slurm创建了qos并将其分配给用户，但用户无法使用它。 sacctmgr 添加 QoS 测试 sacctmgr 修改 qos 测试集优先级=10 sacctmgr 更新 qos 测试集 MaxTRES=cpu=640 sacctmgr 修改

slurm

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配置SLURM，因此需要用户指定--account

我正在尝试弄清楚如何配置 SLURM，以便用户在使用 SLURM 命令（salloc、sbatch、srun）时需要指定 --account。实际上我想禁用默认帐户

config default account slurm

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slurm 处理的 bash 脚本中的注释

我在集群上使用 slurm 来运行作业并使用 sbatch 提交如下所示的脚本： #!/usr/bin/env bash #SBATCH -o slurm.sh.out #SBATCH -p defq #SBATCH --邮件类型=全部 #SBATCH——邮件...

bash comments hpc slurm

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在集群计算节点上使用 VSCode 远程隧道进行自动身份验证

我在集群计算节点上发现了这篇关于 VSCode 远程隧道的有用文章。有没有一种方法可以自动进行身份验证（类似于 ssh-key），这样就不需要遵循

visual-studio-code cluster-computing slurm ssh-tunnel vscode-remote

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