slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器，专为各种规模的Linux集群而设计。

如何使用--slurm在snakemake工作流程中设置足够的资源用于管道输出？

我成功地使用 --profile 和 --slurm 一起在我们的 slurm 集群上运行了相当大的 Snakemake 工作流程，但是如果我将其中任何一个排除在命令之外，我都会收到错误/失败的作业。 ...

pipe resources slurm snakemake

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Slurm：处理云调度系统中POWER_UP失败的节点

问题当前行为和问题描述当节点无法 POWER_UP 时，它会被标记为 DOWN。虽然这通常是一个好主意，但在使用云节点时这没有用，因为说

slurm

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如何让我的 Slurm 脚本在文件名列表上循环？

我有一个 slurm 脚本来运行我的 python 代码： #!/bin/bash -l #SBATCH --nodes=1 ...

python shell slurm

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在 SLURM 集群上通过 cron 作业调用 snakemake 时提交作业脚本时出错（退出代码 127）

我正在尝试通过 crontab 在 SLURM 集群上运行 snakemake 管道。这是我用来发送到 slurm 的 bash 脚本。 #!/bin/庆典 #SBATCH --job-name=nextstrain snakemake --configfile

cron slurm snakemake sbatch

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Snakemake 包装器在没有互联网的情况下无法在 SLURM 集群计算节点上工作

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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在 bash 中使用 awk 计算 sacct 输出中的列

我在一个 slurm 集群上工作，我想知道我当前使用了多少 cpu 和内存。我的主要问题是区分 8G 和 8Gc 的内存使用情况。（前者是原始所需的内存...

bash awk slurm

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Slurm 脚本来错开进程的启动

我想知道如何在 Slurm 中使用 --begin 命令来错开每个数组元素的开始。我尝试了以下代码： #!/bin/bash -l #SBATCH --time=48:00:00 #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH ...

bash jobs slurm

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OSU 基准在容器中使用 UCX 时完成后挂起打印结果

我正在尝试使用 UCX 来提供更多具有性能的便携式 MPI 应用程序容器。所以我想比较使用 UCX 替换方法，即挂载系统将 UCX 构建到容器中......

containers mpi slurm microbenchmark ucx

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Snakemake 和 GROMACS 之间的冲突？

我试图尽可能地简化我的问题，但仍然出现错误。整个想法是我想执行（在更复杂的工作流程中）命令： gmx mdrun -nt 12 -deffnm em...

bash shell slurm snakemake

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slurm：优先考虑需要较少系统资源的作业

如何为需要较少系统资源的 Slurm 作业提供高优先级？假设系统资源仅基于 CPU 和内存使用情况。我查看了 Slurm 文档并提出问题......

slurm hpc

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如何在 SLURM 上正确设置 Snakemake？

管理员暂时阻止了我，因为我的作业正在登录节点上运行。我不确定我是否正在设置 SLURM 配置文件并正确调用 Snakemake，因为我遇到了一些问题......

slurm snakemake hpc

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检查运行作业的sbatch脚本

从 sbatch 脚本运行 slurm 作业时，是否有命令可以让我查看用于启动该作业的 sbatch 脚本中的内容？例如 sacct 告诉我我在 SLURM_JOB_ID.3 上...

slurm hpc

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未调用函数中的代码导致 MPI 程序在跨节点时失败

我正在使用mpiP来跟踪MPI程序，并对mpiP进行一些修改。我想记录MPI函数参数信息，所以我创建了一个缓冲区。我在下面的 mpiPi.h 中添加了一个 list_t 结构：类型定义

mpi trace slurm openmpi

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在 Slurm/Sbatch 中同时对多个输入文件运行相同的 python 脚本

我正在尝试制作一个在数十/数百个输入文件上运行 python 脚本的 slurm 文件。每个进程都是单线程的，彼此完全独立，我想通过 r... 加快速度

parallel-processing slurm

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在 slurm 集群中运行脚本时如何修复 perl 语言环境设置错误？

我想运行一个名为 trinity 的程序，该程序使用我研究所的高性能集群部分用 perl 编写。我使用 conda 来安装 trinity 并尝试通过提交 ...

perl locale slurm hpc

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如何解决 SLURM 的这些错误？

#SBATCH -J myjob # 作业名称 #SBATCH -o myjob.o%j # stdout输出文件名（%j对应job id） #SBATCH -e myjob.e%j # 名字...

bash slurm

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slurmd: error: Couldn't find the specified plugin name for cgroup/v2 looking all files

我在计算节点上启动 slurmd 服务时遇到问题。 × slurmd.service - Slurm 节点守护进程已加载：已加载（/usr/lib/systemd/system/slurmd.service；已启用；供应商预设：已禁用）交流...

centos slurm

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Slurm 作业输出文件

我正在运行多个作业，试图获得更好的性能结果。为此，我正在生成一个 UUID 并需要输出的文件名来包含此 UUID。目前，我正在定义名称...

slurm sbatch

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