slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器，专为各种规模的Linux集群而设计。

如果 slurm 脚本通过 Python 中的 os.system 提交，则显示“sh：记录器：找不到命令”

我正在将作业提交到使用 SLURM 管理的集群。我有一个 python 脚本，可以自动提交作业，因为我正在进行超参数调整。在我的 python 脚本中，我运行 os.system('s...

python bash sh slurm

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这个任务适合rslurm吗？

我有几个实验，我想在每个节点上运行一个实验，每个实验都是具有多个核心的一系列执行。现在我的代码如下所示：运行种子 <- c(1,2,3...

r parallel-processing mpi slurm multicore

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/opt/lmod/lmod/init/bash：第 178 行：`color-chrs.pl'：不是有效的标识符

我正在尝试向计算节点提交 shell 脚本，但仅在提交作业时才不断遇到此错误。作业启动但返回错误“...不是有效的标识符”...

linux slurm bcftools htslib

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Slurm 错误“分配请求的核心/任务必须以季度增量”

嗨，我正在 PSC 中使用bridges2超级计算机来运行作业，当我尝试使用下面的脚本提交作业时，出现错误 sbatch：错误：分配请求的核心/任务...

mpi slurm hpc sbatch

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slurm - 动态分配

感谢您阅读这个问题我有兴趣根据当前的使用情况实现 GPU 的动态和公平分配。例如，在具有 12 个 GPU 和 3 个用户的服务器中，我会

gpu slurm

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Slurm 作业正在运行，但没有输出或错误

我遇到了向集群中运行 Rocky Linux 8.8 的节点提交 Slurm 作业的问题。该作业的状态是“R”，但它已经运行了一天多，没有产生任何结果...

linux jobs slurm cg

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所有 slurm 作业都会默默失败，退出代码为 0:53

我的所有 slurm 作业在启动后两秒内都会失败，退出代码为 0:53。当我使用 scontrol show jobid 查看工作详细信息时，它没有说任何可疑的内容。当我看着 f...

slurm sbatch

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所有 slurm 作业都会失败，退出代码为 0:53

我的所有 slurm 作业在启动后两秒内都会失败，退出代码为 0:53。当我使用 scontrol show jobid 查看工作详细信息时，它没有说任何可疑的内容。当我看着 f...

slurm

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多行匹配：提取单独的行

我有类似的命令输出变量=“”“ 名字= 键1=值1 键2=值2 键3=值3 键4=值4 名字= 键1=值1 key2=val2 key3=v...

sed multiline slurm

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使用srun：如何设置节点数和核心数

我刚开始使用 srun 等命令。我想使用 1 个节点 1cpu 和 16 个核心启动并行作业，但我不知道在使用 srun 函数时应该指示什么。（1个节点由2个CPU组成...

parallel-processing cpu slurm cpu-cores

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SLURM：在多个文件上运行相同的并行脚本

我想做的是在数千个输入 csv 文件上运行相同的 python 脚本。 python 脚本是一个单进程脚本，它将单个文件作为输入并创建一个输出文件...

python bash gnu slurm gnu-parallel

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在节点上为 GPU 作业预留一些 CPU

我正在使用 Slurm 设置 GPU 集群。这些节点具有可变数量的 CPU 核心 (8-32) 和可变数量的 GPU (1-4)。将要运行的 GPU 作业通常需要很少的 CPU

gpu slurm

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使用 slurm 时使用 > 重定向输出是否多余？

我正在用 slurm 运行我的程序。我希望所有输出（和所有错误）都转到 logfile.log。我的批处理脚本是 #!/bin/bash #SBATCH --output=logfile.log #SBATCH --error=logfile.log 运行程序我

redirect slurm

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默认在 CPU 上运行作业，但在 Slurm 中可用时在 GPU 上运行作业

有没有办法用 sbatch 向 Slurm 提交作业，并在可用的情况下使用 GPU，但如果没有可用的 GPU，则在 cpu 上运行？设置：#SBATCH --gres=gpu:1 仅在可用 GPU 的节点上运行...

gpu cpu slurm

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SLURM/NFS 集群共享文件系统锁定了某些用户的权限

背景我使用 slurm 设置了一个 3 节点集群，一个控制节点和 3 个计算节点（控制节点兼作计算节点）。所有节点都在 linux mint 上，并且它们都通过...

module conda cluster-computing slurm nfs

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如何更改 SLURM 更新输出文件（stdout）的频率？

我正在使用 SLURM 在超级计算机上调度作业。我设置了 --output=log.out 选项，将作业的标准输出内容放入文件 (log.out) 中。我发现该文件已更新前夕...

stdout slurm

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使用slurm脚本运行其他snakemake slurm作业

我有一个功能性的snakemake配置文件，用于使用SLURM在HPC上运行作业。如果我在本地运行此脚本，作业将并行提交，并且一切都会按预期进行。然而，这个管道...

python slurm snakemake hpc

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Snakemake、slurm 和记忆

我很难理解snakemake如何向slurm提交作业。当我有一个基本的 slurm sbatch 脚本时，我通常会添加一行，例如 #SBATCH --mem=5G 确定 slurm 可能使用 5 GB...

memory resources slurm snakemake

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SLURM 数组在#SBATCH 选项中添加变量

我有一个 SLURM 阵列 #SBATCH --array=0-1000%10 我需要添加一个变量而不是“1000” 成为类似的东西 #！ /bin/bash 数字=$1 #SBATCH --array=1-${num}%10 或者如果还有其他的...

slurm

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如何将当前时间的目录作为SLURM日志路径的一部分

我有一个可以在Linux GPU集群中运行的.slurm文件。该文件是这样的： #!/bin/bash #SBATCH -o ./myrepo/output.log #SBATCH -J 作业名称 #SBATCH --gres=gpu:V100:1 #SBATCH -c 5 来源/home/LAB/

linux bash sh slurm sbatch

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