约束变量部分的 rda 分析过程中产生的一些 NA

Question

我正在按照下一个脚本运行 RDA 分析（素食包）：

env：“env”数据框有 9 个变量：HIX、SR、FI、BIX、perC1、perC2、perC3、perC4、CDOM_S。 该数据帧由每个变量从 0 到 1 标准化，并且没有任何 NA 值

#运行 RDA 分析：

rda1<-rda(bio ~ .,env)

scrs <- scores(rda(bio ~ ., env),scaling = "sites", correlation = TRUE)

scrs

系数(rda1)

如果您注意到了，perC5 变量已被删除！所以，我的问题是，为什么 RDA 分析会删除这个变量？。我想在分析中保留所有 9 个变量...

提前非常感谢！

Answer 1

这是一个五类因素，任何五类因素都可以用四种对比来表达。想一想：两个类别（是/否、真/假、对照/治疗）只是一个差异，对于任何因子变量，对比度都比类别数少一个。别担心，所有级别都在您的分析中，但它们可以用四种对比来表达。所有标准 R 方法的行为完全相同，例如线性模型 (

lm

) 或广义线性模型 (

glm

)。