尝试读取FASTA格式的文件，然后再写入Genbank格式的另一个文件

Question

尝试使用BioPython中的Seq和SeqIO对象读取包含基因组序列的文件。无法使用open命令。该程序应接受包含FASTA文件名称的命令行参数，该文件包含输入基因组。

它创建了文件，但是文件中没有任何内容。不确定我缺少什么？

这是我所拥有的：

    from Bio.Seq import Seq                                                 
    from Bio import SeqIO
    from Bio.SeqRecord import SeqRecord
    from Bio.Alphabet import IUPAC

    recordlist = []

    for SeqRecord in SeqIO.parse('bacterium_genome.fna', 'fasta'):
        myseq = SeqRecord.seq
        myseq.alphabet = IUPAC.unambiguous_dna
        recordlist.append(SeqRecord)


    SeqIO.write(recordlist, 'bacterium_genome.gb', 'gb')

Answer 1

from Bio import SeqIO
from Bio.Alphabet import IUPAC

with open('bacterium_genome.gb', 'w') as out_f:
    for record in SeqIO.parse('bacterium_genome.fna', 'fasta'):
        record.seq.alphabet = IUPAC.unambiguous_dna
        SeqIO.write(record, out_f, 'genbank')