直接在for循环中调用SeqIO.parse（），但事先单独使用它不行吗？为什么？

Question

在python这段代码，我直接调用函数SeqIO.parse（），运行正常：

from Bio import SeqIO
a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
records = list(a)

for asq in SeqIO.parse("a.fasta", "fasta"):
    print("Q")

但是，我首先将SeqIO.parse（）的输出存储在一个名为a的变量（？）中，然后尝试在我的循环中使用它，它不会运行：

from Bio import SeqIO
a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
records = list(a)

for asq in a:
    print("Q")

这是因为函数||的输出SeqIO.parse（“a.fasta”，“fasta”）||存储在'a'中与我直接调用它时的方式不同？这里'a'的身份究竟是什么？它是变量吗？它是一个对象吗？功能实际上返回了什么？

Answer 1

SeqIO.parse()返回一个普通的python生成器。 Biopython模块的这一部分是用纯python编写的：

>>> from Bio import SeqIO
>>> a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
>>> type(a)
<class 'generator'>

一旦生成器被迭代，它就会在您发现时耗尽。您无法回放生成器，但如果您不介意将其全部放入内存中，则可以将内容存储在list或dict中（如果您需要随机访问，则非常有用）。您可以使用SeqIO.to_dict(a)存储在字典中，记录ID作为键，序列作为值。简单地重新构建生成器再次调用SeqIO.parse()将避免将文件内容转储到内存中。