使用 Torchio 对两个图像应用完全相同的变换

Question

我想使用 torchio 对两个图像（图像和分割数据）应用完全相同的转换。这两个图像都存储在名为

image_data

和

segmentation_data

的 numpy 数组中。

到目前为止，我添加了一些增强功能：

self.augmentations = tio.Compose([
            affine_transform,
            elastic_transform,
            flip_transform,
            swap_transform
        ])

例如， elastic_transform = tio.RandomElasticDeformation 并尝试通过以下方式将它们应用到图像：

        subject_image = tio.Subject(image=tio.ScalarImage(tensor=image_data))
        subject_segmentation = tio.Subject(
            image=tio.ScalarImage(tensor=segmentation_data))
        dataset = tio.SubjectsDataset([subject_image, subject_segmentation])
        dataset = self.augmentations(dataset)
        image_data = dataset[0]['image'].data
        segmentation_data = dataset[1]['image'].data

不幸的是，这是不正确的（因为 Compose 不适用于主题数据集），但我找不到任何有关如何正确执行此操作的信息。有人可以帮忙吗？

Answer 1

这两个张量都需要添加到主题中。这是正确的代码：

    subject = tio.Subject(image=tio.ScalarImage(tensor=image_data),
                          segmentation=tio.ScalarImage(tensor=segmentation_data))
    transformed_subject = self.augmentations(subject)
    transformed_image = transformed_subject.image.data
    transformed_segmentation = transformed_subject.segmentation.data