Snakemake：仅扩展通配符的子集

Question

我找不到这个可能很简单的问题的解决方案：

我有这个蛇文件，它首先产生以下文件：

• data / sample1_P1.txt

• data / sample1_P2.txt

• data / sample2_P1.txt

• data / sample2_P2.txt

在下一步中，它只是将文件连接到一个文件concatenated/concatenated.txt。

这是最小的，可复制的示例：

pairs = {"P1" : "P1", "P2" : "P2"}

samples = {
    "sample1": "sample1",
    "sample2": "sample2"
}

rule all:
    input: "concatenated/concatenated.txt"

rule get_txt_files:
    output:
        "data/{sample}_{pair}.txt"
    shell:
        """
        echo 1 > {output}
        """

rule concatenate:
  input:
    expand("data/{sample}_{pair}.txt", sample=samples, \
        pair=pairs)
  output:
    "concatenated/concatenated.txt"
  shell:
    "cat {input} > {output};"

我的问题很简单：如何修改规则concatenate，以便将具有相同样本名称的文件连接起来？

所需的输出将是：

• concatenated / sample1.txt

• concatenated / sample2.txt

任何帮助将不胜感激。

编辑

我有一个非常类似的后续问题，因此我认为没有必要再次打开一个新问题：

如果我的预期输出如下：

• data / sample1 / sample1_P1

• 数据/样本1 /样本1_P2

• data / sample2 / sample2_P1

• data / sample2 / sample2_P2

要清楚：我只想创建一个新目录，并将文件移至该定制目录中。

这样做似乎很直观：

pairs = {"P1" : "P1", "P2" : "P2"}

samples = {
    "sample1": "sample1",
    "sample2": "sample2"
}

rule all:
    input: expand("data/{sample}/{sample}_{pair}.txt", sample=samples, pair = pairs)

rule get_txt_files:
    output:
        "data/{sample}_{pair}.txt"
    shell:
        """
        echo 1 > {output}
        """

rule reorganise:
  input:
    expand("data/{{sample}}_{pair}.txt", \
        pair=pairs)
  output:
    "data/{sample}/{sample}_{pair}.txt"
  shell:
    "mv {input} data/{wildcards.sample}/.;"

您能发现问题吗？

非常感谢

Answer 1

rule concatenate:
  input:
    expand("data/{{sample}}_{pair}.txt", pair=pairs)
  output:
    "concatenated/{sample}.txt"
  shell:
    "cat {input} > {output};"