在带有position_dodge的条形图上叠加点（和误差条）

Question

我一直在尝试寻找针对我的特定问题的答案，但是我没有成功，所以我刚刚做了一个MWE来发布在这里。

我尝试了答案here，但没有成功。

我想做的任务似乎很容易，但我无法弄清楚，结果使我有一些基本问题...

我只想使用ggplot2在条形图上叠加点和误差线。

我有一个长格式的数据框，如下所示：

> mydf <- data.frame(cell=paste0("cell", rep(1:3, each=12)),
   scientist=paste0("scientist", rep(rep(rep(1:2, each=3), 2), 3)),
   timepoint=paste0("time", rep(rep(1:2, each=6), 3)),
   rep=paste0("rep", rep(1:3, 12)),
   value=runif(36)*100)

我已尝试通过以下方式获取剧情：

myPal <- brewer.pal(3, "Set2")[1:2]
myPal2 <- brewer.pal(3, "Set1")
outfile <- "test.pdf"
pdf(file=outfile, height=10, width=10)
print(#or ggsave()
  ggplot(mydf, aes(cell, value, fill=scientist )) +
  geom_bar(stat="identity", position=position_dodge(.9)) +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge(.9), size=5) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_manual(values=myPal) +
  scale_color_manual(values=myPal2)
)
dev.off()

但是我得到了：

问题是，每个“科学家”栏应有3个“ rep”值，但这些值应按“ rep”排序（它们应为1,2,3,1,2,3，而不是1， 1,2,2,3,3）。

此外，我想用geom_errorbar添加错误栏，但我没有设法得到有效的示例...

此外，实际值指向条形图，这让我想知道这里实际绘制的是什么...是否正确地为每个条形图取值，以及为什么绘制最大值（或看起来如此）？默认值。

我认为应该以中位数（或均值）正确绘制此图，并在方框图中添加诸如晶须之类的误差线（最小值和最大值）。

任何想法如何...

• ...“ rep”值点是否以正确的顺序显示？
• ...将条形图显示的值从最大值更改为中位数？
• ...添加带有最大值和最小值的误差线？

Answer 1

我对您的绘图代码进行了一些重组，以简化操作。秘诀是使用正确的分组（否则可以从fill和color推断出。此外，由于要躲避多个级别，因此必须使用dodge2。

[如果不确定条形/柱形图中的“绘制位置”，添加选项color="black"总是很有帮助，因为您使用了dodge的dodge2。

p = ggplot(mydf, aes(x=cell, y=value, group=paste(scientist,rep))) +
  geom_col(aes(fill=scientist), position=position_dodge2(.9)) +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge2(.9), size=5) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

ggsave(filename = outfile, plot=p, height = 10, width = 10)

给出：

关于误差线

由于只有三个重复，所以我会显示原始数据点，也可能会显示小提琴图。为了完整起见，我还添加了一个geom_errorbar，但这已经接近足够的绳索来挂起自己了（从圣诞树或其他东西……）（希望这听起来不太谦虚；-）

ggplot(mydf, aes(x=cell, y=value,group=paste(cell,scientist))) +
  geom_violin(aes(fill=scientist),position=position_dodge(),color="black") +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge(0.9), size=5) +
  geom_errorbar(stat="summary",position=position_dodge())+
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

给予

评论后更新

正如我在下面的评论中提到的那样，百分比的累加会导致不良的结果。

ggplot(mydf, aes(x=paste(cell, scientist), y=value)) +
  geom_bar(aes(fill=rep),stat="identity", position=position_stack(),color="black") +
  geom_point(aes(color=rep), position=position_dodge(.9), size=3) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")