bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

减少Grange并保留元列

我正在尝试减少 Grange 对象 文库(基因组范围) #示例数据 <- GRanges(seqnames = c("chr1", "chr1", "chr1"), ranges = IRanges(c(11,...

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如何在 R 中连接每个样本的两个 DNAStringSet 序列?

我有两个 Large DNAStringSet 对象,每个对象包含 2805 个条目,每个条目的长度为 201。我想简单地将它们组合起来,所以有 2805 个条目,因为每个条目都是这样的

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催化剂包图MST

我只是想知道如何绘制 MST,就像使用 flowsom 时一样,但使用 Catalyst 包来代替。我已经按照生物导体上的催化剂教程进行操作,刚刚完成了集群...

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使用 MetaIntegrator 对特定基因或探针进行荟萃分析

我在特定基因或探针子集之后运行 MetaIntegrator 包中的“runMetaAnalysis”功能时遇到问题。 这是我的代码: 地理对象 <-c("GSE51387", "

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如何使用 GSVA 中更新的 API 通过 ssGSEA 方法执行 GSVA?

我正在开展一个项目,该项目涉及使用 R 中的 GSVA 包执行 GSVA。具体来说,我正在尝试使用单样本基因集富集分析 (ssGSEA) 方法。不过,我

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无法为我的ggtree的标签提示着色

我无法为我的 ggtree 中的物种名称着色。我咨询过以前的问题,例如:如何在ggtree中按组为树的尖端着色?,但我无法应用该解决方案...

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使用 R 修剪 DNA 序列

我有一个DNA序列文件,许多序列都以“CCCATGCAGACATAGTG”或“CTCCATGCAGACATAGTG”开头,我有一个标签序列“ATGCA”。我想删除所有“ATGCA”以及...

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MacOS 上的 R 错误:矢量内存耗尽(达到限制?)

我正在尝试运行 R 脚本(特别是,我正在使用 Bioconductor 包 Slingshot 中的“getLineages”函数)。 我想知道为什么错误“向量内存耗尽(li...

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从 R biomart getBM 获得 NA 的次要等位基因?

有谁知道为什么下面的代码给出了minor_allele和minor_allele_freq的NA列(通过这种方法提取的其他数据似乎很好)?库(“biomaRt”); snp.db <- use...

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clusterProfiler 无法加载包

我正在尝试加载 clusterProfiler,但无论我如何安装该软件包,或者卸载或重新安装,当我尝试加载它时,我都会继续收到以下错误。我也收到了...

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使用 Bioconductor 下载寨卡病毒基因组数据

我目前正在参加有关生物导体包的数据营课程。有一个部分可以通过 BioStrings 包来使用寨卡基因组。我想知道在哪里可以加载这个变量?

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从bam文件中提取读取位置

我有一个包含多个 SNP 的 vcf 文件,现在我想看看这些 SNP 是否均匀分布在我从中获取 SNP 的 bam 文件的读取中。具体来说,我想绘制...

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如何在 R 中使用 Biostrings 进行的成对比对中提取所有完美匹配 > 10 个核苷酸?

我已经对齐了2个DNAStringSet,并使用了Biostring包。我想提取序列中完全匹配且长度至少为 10 个核苷酸 (nt) 的所有部分,以及

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在 R 中运行 GDC_prepare 时出现问题

我正在尝试从 GDC 检索并准备一些数据,并且正在运行从 YouTube 视频复制粘贴的以下代码:video。 下面是代码: 库(TCGAbiolinks) 图书馆(tidyver...

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如何将 Ensembl ID 转换为 R 中的基因符号?

我有一个 data.frame,其中一列包含 Ensembl ID;我想找到该列值的相应基因符号,并将它们添加到我的数据框中的新列中。 我用了bioMaRt...

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IRanges 输出长度不等于输入

我想创建一个带有现有 data.table 的 IRanges 范围 <- IRanges::IRanges( start = x$position, wdith = 1 ) length(ranges) [1] 31253 However, My data.table is a table with...

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区分通过 CRAN 和 Bioconductor 安装的软件包 [R]

我在conda环境中安装了一堆R包,我想创建类似于conda env导出的东西,但是在R中。 您可以从以下位置获取包名称和版本控制(来源): ip = 一个...

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ComplexHeatmap 包中切片的顺序

我正在 R 中使用 ComplexHeatmap 包,并通过 k 均值聚类(行和列)分割我的热图。行的聚类效果很好。对于列,我得到一个 4 列簇(对照)并且......

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如何调整复杂热图中轴标签的字体大小?

我正在使用 ComplexHeatmap 在 R 中创建热图。我在这里重新创建了一个小热图。我无法从文档中弄清楚如何调整 x 轴上文本的字体大小。 a = 垫...

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如何最大化R fuzzyjoin/stringdist速度和内存效率

我有2个包含短(长度== 20)序列的数据帧,我想将它们与字符串距离分析技术进行比较,返回高度相似的序列,汉明距离不大于...

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