bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

安装Bioconductor包

我在我的ubuntu上安装了R(3.4.0)。我想使用EdgeR包。我尝试按照Bioconductor网站上提供的安装说明安装Bioconductor软件包。我用了 ...

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安装路径不可写R,无法更新包

我正在尝试使用他们网站上的代码将Bioconductor安装到R中。当我输入代码时(见下文)我收到一条错误消息,说某些软件包无法更新,安装...

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无效的类“GRanges”对象:1:'x @ seqnames'与'x不平行

这个简单的代码:库(GenomicRanges)GRanges(c(“chr1”,“chr1”,“chr1”),c(109810200,109810201,109810544))失败,有一个相当神秘的异常:validObject(.Object)中的错误:.. 。

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包中无法卸载R:无法安装包

我试图在R中安装一个包,但无法解决以下错误。到底是怎么回事? :(我正在运行Fedora 20,R 3.2 biocLite(“monocle”)BioC_mirror:http://bioconductor.org ...

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ComplexHeatMap - 在基础数据集中按顺序排序行,但不在最终热图中显示订单列

我想订购一个4 x热图的Complexheatmap,它按行顺序连接在一起,它包含在底层数据集的'Order'列中,但是我不希望订单列/数据可见...

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如何对DNAStringSet对象进行排序?

我有一个xstringset对象一个长度为151674宽度的DNAStringSet实例seq名称[1] 253 ...

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如何按名称对DNAStringSet对象进行子集化?

假设我有这个DNAStringSet(作为示例)dataset1一个长度为38874的DNAStringSet实例seq名称[1] 2617 GGC黄色[2] 4306 ACG蓝色[3] ...

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如何在.Hub(“AnnotationHub”,hub,cache,proxy,localHub,...)中修复错误

我在R中使用REMP包来找到重复元素中的甲基化。我偶然发现函数initREMP,它给了我错误:remparcel

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避免热图中行和列的重新排序(r)

我正在使用ComplexHeatmap来绘制数据,但是,每当我开始划分矩阵以便更容易读取时,我的行/列的顺序似乎被洗牌。我想知道我是不是......

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在闪亮的flexdashboard上加载RBioFormats时出错

我有一个使用flexdashboard的闪亮应用程序,我想继续前一段时间开始的开发过程。这个应用程序使用Bioconductor的RBioFormats包,现在我......

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使用apply函数加速嵌套for循环

我不擅长使用apply系列函数。我想使用apply系列函数而不是跟随类型的嵌套循环迭代9076 x 9076次以提高计算速度。最小的......

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从R中的数据库查询内容

我在R的Bioconductor包中使用hmdbquery包来过滤HMDB数据库中记录的一些代谢物的浓度。我指的是可用的hmdbquery手册......

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HGNC基因名称的基因组坐标

我想使用GenomicFeatures和Bioconductor的TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene R软件包从我的列表(由hgnc基因id组成)中获取人类基因的坐标。库(TxDb.Hsapiens ....

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在csv文件中编写和加载表达式集

在R中,可以使用csv.write将bioconductor ExpressionSet写入csv文件。例如,使用可用作bioconductor包的标准膀胱填充数据,以下代码编写csv ...

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conda skeleton cran使用错误的R版本

我试图从CRAN打包一些R包以在conda环境中使用,因为我使用Python和R包的组合用于生物信息学管道。由于其他依赖,我......

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安装Bioconductor软件包自动化

我试图在R脚本的Ubuntu 16.04上自动安装Bioconductor及其不同的软件包。但是,每个安装都需要交互来说 - 是,是的我想安装它和-...

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删除列中具有某些特定值的行

我想删除包含chr1_ _random的行,然后根据chr和start列对数据进行排序:data:Coordinates chr start end ...

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WGCNA中的灰色模块是否有任何大小限制?

WGCNA分析结果为我们提供了几个模块。这些模块是彩色的,也可以用数字编号。通常灰色模块在数字中也标记为0对应于...的集合。

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在矩阵中查找保守列

我想要一些帮助。我有一个21行的矩阵和一个先前未定义的列数(取决于输入)。每个单元格都有一个数字,表示该行元素出现的次数...

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