Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。
我想自定义Gviz IdeogramTrack对象的外观。我通过提供一个包含着丝粒和基因组区域位置的data.frame来构建这些轨道I ...
Bioconductor的包不能在包装的说明部分与biocViews规范安装
问题:我正在开发的R包和依赖包之一是multtest。这仅适用于Bioconductor的这里。我使用devtools构建软件包。而且,当我运行devtools :: ...
在Torque集群上使用R Bioconductor SVA软件包的ComBat()函数的OpenBLAS问题
我在使用R的Bioconductor的SVA软件包中的ComBat()函数时出现问题。在我的笔记本电脑(运行Linux Ubuntu 18操作系统的Latitude 5590)上,它运行良好。但如果我在TORQUE上运行它......
在conda环境中将rtracklayer包从Bioconductor加载到R中时,不会映射分段错误和内存
我创建了一个带有r和bioconductor-rtracklayer的conda环境:conda create --name bioconductor-rtracklayer --channel conda-forge --channel bioconda --channel r --yes r = 3.5.1 ...
在Python Jupyter笔记本中使用rpy2安装Bioconductor包
我正在尝试使用Python Jupyter笔记本中的rpy2从Bioconductor安装“pcaMethods”。这是我从rpy2.robjects.packages导入importr utils = importr('utils')utils ....
我正在尝试在.FCS格式文件(这是一个流式细胞仪格式文件)上使用mclust方法,我将此文件作为flowFrame对象读入R中。 install.packages(“openCyto”)#自旧...
如何在编译和安装bioconductor包时包含丢失的文件?
我正在尝试从bioconductor安装biocneighbors。不幸的是我收到以下错误:*安装* source * package'BiocNeighbors'... ** libs g ++ -std = gnu ++ 11 -I“/ usr / include / R /”-...
我正在尝试找到一种方法,在比较不同的GRange对象时有效地提取显示“0”或“1”的矩阵。在我的例子中:df
未能在Linux CentOS 7上安装R oligo和RCurl软件包
我正在尝试在我的笔记本电脑上安装Bioconductor oligo R软件包,我有Linux CentOS 7.它不能通过常见的Bioconductor安装命令安装,因为它说...
我列出了一系列来自一系列患者的基因组区域。 > head(dotoo)具有6个范围和3个元数据列的GRanges:seqnames range strand | ID ...
我已经实现了一个R脚本,它对基因表达数据集执行批量修正。要进行批量修正,我首先需要通过Affy rma()来标准化每个CEL文件中的数据...
结构(列表(AGI = c(“ATCG01240”,“ATCG01310”,“ATMG00070”),aox2_0h_1 = c(15.79105291,14.82652303,14.70630068),aox2_0h__2 = c(16.06494674,14.50610036,14.52189807),aox2_0h__3 = c(14.64596287 ,. ..
从ensembl_gene_id获取hgnc_symbol / gene_name
我有这个代码(来自这里):library('biomaRt')mart
我似乎无法安装bioconductor包'monocle'进行单细胞RNA测序分析。我的R版本是3.4.3,Bioconductor是3.6。我一直收到此错误消息,并安装...
我正在尝试使用命令行输入的参数在RScript中运行DESeq。我使用optparse来解析用户参数,并试图将设计参数传递给DESeqDataSetFromMatrix()...
我知道如何使用available.packages()函数获取CRAN上所有可用软件包的列表(R的可用软件包的名称,并将CRAN上可用的所有软件包列入控制台)。但是怎么......
我已经安装了ggtree包v1.8.2并且我想使用getSubtree函数。但是我得到一个令人惊讶的错误:):getSubtree()中的错误:找不到函数“getSubtree”即使我......
我正在尝试为R安装data.table库,但是我无法让它工作。我尝试过使用CRAN和Bioconductor但是我一直收到一个错误,该包不适用于R 3.2.2: > ......
我想在flowSet上使用多个椭球门并绘制结果。我设法用每帧一个门绘制flowSet,但我无法正确构造filtersList对象。我明白了......
我已经快速浏览了其他帖子,但是找不到具有相同错误的帖子,即使有些似乎是一些常见的错误消息,所以如果我错过了以前的帖子,请道歉。我是 ...