bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

Gviz IdeogramTrack的自定义颜色？

我想自定义Gviz IdeogramTrack对象的外观。我通过提供一个包含着丝粒和基因组区域位置的data.frame来构建这些轨道I ...

r plot bioconductor

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Bioconductor的包不能在包装的说明部分与biocViews规范安装

问题：我正在开发的R包和依赖包之一是multtest。这仅适用于Bioconductor的这里。我使用devtools构建软件包。而且，当我运行devtools :: ...

r devtools bioconductor cran package-development

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在Torque集群上使用R Bioconductor SVA软件包的ComBat（）函数的OpenBLAS问题

我在使用R的Bioconductor的SVA软件包中的ComBat（）函数时出现问题。在我的笔记本电脑（运行Linux Ubuntu 18操作系统的Latitude 5590）上，它运行良好。但如果我在TORQUE上运行它......

r bioconductor openblas

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在conda环境中将rtracklayer包从Bioconductor加载到R中时，不会映射分段错误和内存

我创建了一个带有r和bioconductor-rtracklayer的conda环境：conda create --name bioconductor-rtracklayer --channel conda-forge --channel bioconda --channel r --yes r = 3.5.1 ...

r conda bioconductor

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在Python Jupyter笔记本中使用rpy2安装Bioconductor包

我正在尝试使用Python Jupyter笔记本中的rpy2从Bioconductor安装“pcaMethods”。这是我从rpy2.robjects.packages导入importr utils = importr（'utils'）utils ....

python jupyter-notebook bioconductor

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没有方法将这个S4类强制转换为使用mclust的向量

我正在尝试在.FCS格式文件（这是一个流式细胞仪格式文件）上使用mclust方法，我将此文件作为flowFrame对象读入R中。 install.packages（“openCyto”）＃自旧...

r bioconductor coercion

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如何在编译和安装bioconductor包时包含丢失的文件？

我正在尝试从bioconductor安装biocneighbors。不幸的是我收到以下错误：*安装* source * package'BiocNeighbors'... ** libs g ++ -std = gnu ++ 11 -I“/ usr / include / R /”-...

r bioconductor

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创建一个矩阵以显示多个GRanges之间的重叠

我正在尝试找到一种方法，在比较不同的GRange对象时有效地提取显示“0”或“1”的矩阵。在我的例子中：df

r bioinformatics bioconductor

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未能在Linux CentOS 7上安装R oligo和RCurl软件包

我正在尝试在我的笔记本电脑上安装Bioconductor oligo R软件包，我有Linux CentOS 7.它不能通过常见的Bioconductor安装命令安装，因为它说...

r linux rcurl bioconductor

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用GRanges找到染色体的重叠区域

我列出了一系列来自一系列患者的基因组区域。 > head（dotoo）具有6个范围和3个元数据列的GRanges：seqnames range strand | ID ...

r bioinformatics overlap bioconductor genetics

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如何将rma（）规范化应用于唯一的CEL文件？

我已经实现了一个R脚本，它对基因表达数据集执行批量修正。要进行批量修正，我首先需要通过Affy rma（）来标准化每个CEL文件中的数据...

r bioconductor batch-normalization

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如何汇总统计2WA Post HOC？

结构（列表（AGI = c（“ATCG01240”，“ATCG01310”，“ATMG00070”），aox2_0h_1 = c（15.79105291,14.82652303,14.70630068），aox2_0h__2 = c（16.06494674,14.50610036,14.52189807），aox2_0h__3 = c（14.64596287 ,. ..

r statistics bioinformatics bioconductor

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从ensembl_gene_id获取hgnc_symbol / gene_name

我有这个代码（来自这里）：library（'biomaRt'）mart

r bioinformatics bioconductor biomart

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单片机和DDRTree的安装

我似乎无法安装bioconductor包'monocle'进行单细胞RNA测序分析。我的R版本是3.4.3，Bioconductor是3.6。我一直收到此错误消息，并安装...

r bioconductor

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将用户arg传递给DESeq2函数

我正在尝试使用命令行输入的参数在RScript中运行DESeq。我使用optparse来解析用户参数，并试图将设计参数传递给DESeqDataSetFromMatrix（）...