bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

用于使用makeContrasts和eBayes比较散装RNA序列的Limma

经过一天的搜寻后,我决定最好在这里提出这个问题。因此,该实验是我从3位患者(A,B,C)中获得了大量RNA seq数据。他们的RNA seq数据是针对pre -...

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获得每个序列最长的范围

我有一个GRanges对象,每个序列名称(例如染色体)的基因组范围不同。如何获得仅包含每个序列名称/染色体最长范围的GRanges?例如,如果gr ...

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WGCNA:选择软阈值功率

powers = c(c(1:10),seq(from = 12,to = 20,by = 2));在通过WGCNA时,我遇到了我无法理解的代码,有人可以向我解释该代码的含义吗

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在基因组范围内发现孤岛

在基因组范围内,一个有趣的问题是基因岛的鉴定。我试图找到最大范围的子集,其中相邻范围不超过特定距离。解决...

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将增强版串音包与串扰软件包一起使用时出现错误“非数字”

我想在表格和图表之间实现双向交互作用:在表格中选择将在图表中反映出来的行,在图表中选择一个点,将成为...

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match(x,table,nomatch = 0L)中的错误:'match'需要向量参数

我正在尝试在R Studio云上进行一些Bioconductor练习。运行前两个代码(#1,#2)已经可以了,但是最后一个代码(#3)给出了错误消息。任何人都可以帮忙吗? #1 ...

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无法在R上安装软件包

当我尝试安装Bioconductor for R时遇到问题。我到处都在寻找解决方案,但是对我来说没有任何用处。拜托,有什么建议吗?下载的二进制包是...

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r中的方差数据分析将html中的输出转换为HTML

我有以下提到的数据帧:数据:ID日期Date2类别Sys_Value Ori_Value组位置状态TE-1 2020-01-20 15:12:16 2020-01 -...

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使用ComBat时出错

我对R很陌生,我正在尝试在331 x 89基因表达值矩阵上的R sva库中使用ComBat脚本。我的数据包括5个批次,并且按这种方式排序,因此第一个...

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如何测试是否有基因型效应或时间效应,或两者兼有?

我有一个时变的RNASeq实验用于突变和WT比较。在lfc = 2时,pval = 0.01,我的基因型比较基因(例如Mut1_0h-WT_0h,Mut1_24h-WT_24h)和时间上调的基因已上调...

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BiocCheck()用于Bioconductor软件包提交,未显示带有错误/警告/注释的行

我正在运行BiocCheck(“ myPackage”),结果将对存在问题的位置进行注释,但不对问题的位置进行注释。有什么办法可以解决这个问题? BiocCheck(“ myPackage”)...

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'具有字母注释的序列的'位置感知'比对

我们有2个DNA序列(字符串):> 1 ATGCAT 135198> 2 ATCAT预期输出:首先,我们需要对齐这2个字符串,然后按索引获取相关注释:ATGCAT AT-CAT 13-198第一部分...

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R中具有CoverageHeatmap(生物导体)功能的问题

我有两组成对比对,其中查询基因组1(q1)与参考基因组比对,查询基因组2(q2)与相同的参考基因组比对。因此,我有两个对齐方式...

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GR用作base :: data.frame中的列

我想将Bioconductor的GenomicRanges :: GRanges对象存储为基本R data.frame中的单个列。我想在基本R data.frame中使用它的原因是因为我想写...

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识别整个数组的最大分数

我有一个569个氨基酸残基的序列,每个残基都得到一个分数。我想确定10个此类氨基酸的连续序列,以使得分最大化。有没有一种我可以做的优雅方法...

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比较三组成对数据和limma。如何进行配对设计

因此,我使用带有Bioconductor(oligo),(limma)软件包的r来分析一些微阵列数据。我在配对分析中遇到麻烦。这是我的表型数据ph @ data ph @ data ...

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从matchPattern中提取值

我正在使用Biostrings软件包中的matchPattern函数来查找基因组中的特定序列。一旦找到,我想显示和匹配实例之间的间隔的频率分布。 ...

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