在带有R中的M3C的pca（）中的数据帧中用“ 0”和“ -inf”进行处理

Question

我有一个数据帧，其中包括colnames中的sample_id，行名中的基因名和值矩阵（rnaseq tpm）。我想从M3C包中执行pca（）。我首先使用以下方法将log2转换为矩阵：

df_log2 <- mutate_if(df, is.numeric, log2)
然后使用以下方法带回行名：

rownames(df_log2) <- rownames(df)
但是，当我尝试PCA时，出现以下错误：

> PCA <- pca(df)
***PCA wrapper function*** running... Error in colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric
我检查了df，由于第一个df的log2（0），有些列包含“ -inf”作为值。 

“-inf”是问题吗？如果是的话，我该如何处理？

我有一个数据帧，其中包括colnames中的sample_id，行名中的基因名和值矩阵（rnaseq tpm）。我想从M3C包中执行pca（）。我首先用log2变换了矩阵...

Answer 1

[您可以尝试进行log（x + 1）之类的转换，或者尝试进行x ^（1/3）之类的立方根的转换：