Snakemake 在其他规则中重用规则的好方法

Question

我想在 Snakefile 中创建一个可以调用其他规则的规则。
例如，我想创建一个规则

re

，调用

clean

，然后调用

all

。
以下是 Makefile 版本：

.PHONY=all clean re
all: toto.txt

toto.txt:
    touch toto.txt

clean:
    rm toto.txt

re: clean all

在此 Makefile 中，

re

导致创建的文件完全重新生成。
我在Snakemake中搜索了很多方法，但没有找到令人愉快的方法。
以下是我的研究结果：

• 在shell部分调用snakemake（没门，坏主意）
• 复制

  re

  中的规则内容（没办法，我的真实案例太复杂了）。
• 我们可以访问输入和输出中的“rules”参数。我没有找到一种方法来“调用”其他规则。有什么想法吗？
• 我们可以将

  touch("rule.done")

  放在被调用规则的输出中，并在“re”规则中调用它们。这些文件在文档中称为标志文件。问题，规则完成后它留下了一些文件，所以我发现......
• 我们可以将

  temp("filename")

  放在调用规则的输出中，告诉 Snakefile 在运行后删除它们。

所以我的蛇文件最终是这样的：

rule all:
    input: toto.txt
    output: temp(touch("all.done"))

rule generate_toto:
    output: toto.txt
    shell: touch toto.txt

rule clean:
    output: temp(touch("clean.done"))
    shell: rm toto.txt

rule re:
    input: "all.done", "clean.done"

但是它不起作用，因为 Snakemake 按以下顺序启动规则：
generate_toto > 清理 > 全部
这会导致超时，因为作业

all

等待 toto.txt 创建。我没有找到一种方法来告诉 Snakemake 在做

clean

之前先做

all

。

看起来这是一个小问题，但这只是一个例子，而不是我的真实案例：我想要

all

调用启动脚本的规则，但我无法做到这一点。我的.PHONY 在哪里？ :'(

所以继续：

• 我们如何从一个规则中调用其他规则？
• 我们如何才能让 Snakemake 以特定顺序运行规则（没有明显的解决方法来使每个规则相互依赖，这不是 SOLID）？

Answer 1

我没有测试过，但我认为您可以通过滥用检查点语法来完成从另一个规则调用一个规则。将 clean 规则设置为检查点（或添加依赖于 clean 的中间规则）。接下来，将

re

的输入设为如下函数：

def re_input(wildcards):
    checkpoints.clean.get().output  # force running clean
    return ALL_INPUTS  # may be able to use rules.all.input?

检查点强制该规则首先运行，然后返回所有的正常输出。

对于第二个问题，您可以使用 priorities 来确保

clean

首先运行。您仍然需要假触摸文件才能运行所有内容，但之后 clean 将首先运行。