bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

如何使用R从FASTA文件中获取ID代码

[具有一个包含如下两个序列的fasta文件，我只想获取ID码并将其存储到新的.txt文件中。 sp | P01920 | DQB1_HUMAN HLA II类...

r sequence bioinformatics id

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Jupyter Notebook io.StringIO作为输出

输入Blast_aa_mc = qblast（“ blastp”，“ nr”，aa_mc [2]）Blast_aa_mc输出 _io.StringIO是什么？这是什么意思？我期望的是某种字符串...

python jupyter-notebook bioinformatics biopython stringio

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如何使用python从pdb文件中仅选择具有杂原子的RNA？

我正在尝试从复杂蛋白质/ RNA PDB文件中的蛋白质中分离RNA，我希望所有的RNA信息中的杂原子位于碱基之间，但没有H20等。总之，我想要pdb文件的RNA部分...

python bioinformatics biopython protein-database

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如何将值分组为数据集中的较小值集？

基本上，我有一个包含53个值的单列数据集。我要实现的目标是根据400点的差异将它们分为几组，范围从〜500到4500。如果...

r bioinformatics

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file1 <- read.csv("CKD.csv", header = TRUE, sep = ",") file2 <- read.csv("eGFR.csv", header = TRUE, sep = ",") write.table(file1$rsID.[match(file1$rsID., file2$rsID., nomatch = NA, incomparables = TRUE)], "rs_matches_Raw.csv", sep = ",", row.names = FALSE, col.names = c("rsID.") ) x <- read.csv("rs_matches_Raw.csv",header = TRUE, sep = ",") write.table(na.omit(x), "rs_matches_final", sep = ",", row.names = FALSE, col.names = c("rsID."))

r database dataframe bioinformatics

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如何从R中的另一个数据框中添加新列，以与第一个数据框中的特定样本相对应

我有两个数据帧DF1和DF2。 DF1命名B.P年龄性别特德120 23 M Sed 110 24 F Med 123 23 M DF2命名收入泰德1000 Sed ...

r dataframe bioinformatics

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如何使用R替换FASTA文件中的DNA或氨基酸序列的字符？

具有带有蛋白质序列的FASTA文件，我试图通过使用gsub函数将字母“ H”替换为符号“％”。问题在于gsub函数不会返回相同的格式...

r replace sequence bioinformatics

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错误：mdb_env_open：没有这样的文件或目录BLAST +本地数据库问题

因此，我正在遵循此处提供的NCBI说明：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52640/，我一生无法理解这里出了什么问题。这是我的PATH和BLASTDB：和...

python-3.x bioinformatics

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R：以图形方式显示两个相关组之间的相关性（每个组的数量不同）

我的问题听起来有点混乱，但我不知道如何表达。因此，我想测试母microRNA（Group1）与其女儿的表达之间的相关性（肿瘤与正常情况的倍数变化）...

r statistics bioinformatics correlation

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制作存在/不存在矩阵（y轴为文件名，x轴为文件读取）

我有多个具有多个序列读取的文件（文件名）（每个文件的读取名都以>开头）：Filename1> Readname1> Readname2 Filename2> Readname1> Readname3 ...

python bash bioinformatics biopython

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Scispacy用于生物医学命名的实体识别（NER）

如何使用西葫芦标记实体？当我尝试使用Scispacy进行NER时，它通过将其标记为Entity来识别生物医学实体，但未能将其标记为基因/蛋白质等。因此...

python nlp bioinformatics ner

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将一列中的所有值转换为与另一列中的另一值相对应的字符串

我有一个数据框，其中包含与每个KEGG通路相对应的所有GeneID。我想将每个GGGG通路的GeneID转换为用分号分隔的字符串，这样我就得到了一个数据框...

r list type-conversion bioinformatics

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将Excel（csv）数据导入R中进行生物信息学任务

[我是一个新人，正在通过R探索生物信息学。现在我遇到了麻烦，我将excel中的数据通过将其更改为csv格式并使用read.csv命令将其导入到R中，如您所见。。

r bioinformatics

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将空格分隔的文本文件转换为命名向量以计算HWE

我正在处理文本文件和矢量。我有一个空格分隔的文本文件，其格式如下：id1 AA 44 AG 20 GG 36 id2 CC 30 CT 22 TT 48 id3 CT 60 CC 30 TT 10 ...而且我需要一个代码...

r bioinformatics genetics

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将空格分隔的csv文件读入R中的向量中

我正在处理csv文件和矢量。我有一个用以下格式分隔的csv文件：id1 AA 44 AG 20 GG 36 id2 CC 30 CT 22 TT 48 id3 AA 60 AG 30 GG 10 ...而且我需要一个代码，...

r bioinformatics

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将空格分隔的csv文件读入R中的向量中

我是R语言的初学者，在处理csv文件和矢量时需要帮助。我有一个用以下格式分隔的csv文件：id1 AA 44 AG 20 GG 36 id2 CC 30 CT 22 TT 48 id3 CT 60 CC 30 TT ...

r bioinformatics

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将相同变量的多个数组转换为R中的一个变量？

例如，如何在R中计算不同的参数。例如。我有3个变量A的数组，分别称为A1.1，A1.2，A1.3。我想将它们合计为“ A”。怎么做？ A1.1> c（1,1,1,0,0,0）A1.2＆...

r bioinformatics spss

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如何从具有因子的变量中得到子集或类别变量

我正在处理大型数据集。我在数据框中有变量例如称为。部分-c（A100，A145，B165，B187，B102，C132，D156）df

javascript python r rstudio bioinformatics

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将数字转换为DNA序列的模式：尝试使用python解决此生物信息学问题

将整数0、1、2和3转换为相应的符号A，C，G和T。def NumberToSymbol（index）：SeqDict = {0：'A'，1：'C'， 2：'G'，3：'T'}符号=模式[-1]返回...

python bioinformatics

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R？中连续基因之间的画线

seq1

r bioinformatics

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