在lme4对象上运行summary()时出错(diag(from,names = FALSE)中的错误:未找到对象'unpackedMatrix_diag_get')

问题描述 投票:0回答:1

我无法获得 lme4 模型的摘要()。每当我运行 lme4 对象的摘要函数时,我都会收到错误:

diag 中的错误(来自,names = FALSE):未找到对象“unpackedMatrix_diag_get”

我无法追踪问题,因此在下面编写了生成错误的代码,并包含了直接加载到 .代码。笔记。该模型不会收敛,但对于收敛模型,我得到了相同的错误。


# packages
library(tidyverse)
library(kableExtra)
library(psych)
library(lavaan)
library(semPlot)
library(qpcR)
library(brms)
library(lme4)

partid <- c("A","B","C","D","A","B","C","D") 
count <- c(13, 41, 33, 37, 60, 41, 41, 39) 
side <- c("L","L","L","L","R","R","R","R") 

dat <- data.frame(matrix(ncol=3,nrow=8)) 
colnames(dat) <- c("partid", "count", "side") 
dat$partid <- partid dat$count <- count 
dat$side <- side 

mod <- lme4::lmer(count~ side + (1 | partid)) 
summary(mod)

这是

sessionInfo()
的输出:

R版本4.3.3 (2024-02-29) 平台:x86_64-apple-darwin20(64位) 运行环境:macOS Sonoma 14.2.1

矩阵产品:默认 BLAS:/System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib LAPACK:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/lib/libRlapack.dylib; LAPACK 版本 3.11.0

区域设置: [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

时区: 欧洲/伦敦 tzcode 来源:内部

附加基础包: 统计数据
图形
设备组 实用工具
数据集
方法
基地

其他附件包: lme4_1.1-35.3
brms_2.21.0
Rcpp_1.0.12
qpcR_1.4-1
矩阵_1.6-5
鲁棒基_0.99-2 rgl_1.3.1
minpack.lm_1.2-4
MASS_7.3-60.0.1
semPlot_1.1.6
lavaan_0.6-17
psych_2.4.3
kableExtra_1.4.0
lubridate_1.9.3
forcats_1.0.0
stringr_1.5.1
dplyr_1.1.4
咕噜_1.0.2
readr_2.1.5
tidyr_1.3.1
tible_3.2.1
ggplot2_3.5.0
tidyverse_2.0.0

通过命名空间加载(且未附加): 张量A_0.36.2.1
rstudioapi_0.16.0
jsonlite_1.8.8
magrittr_2.0.3
nloptr_2.0.3
rmarkdown_2.26
vctrs_0.6.5
minqa_1.2.6
base64enc_0.1-3
rstatix_0.7.2
htmltools_0.5.8.1
分布式_0.4.0
扫帚_1.0.5
公式_1.2-5
StanHeaders_2.32.6
htmlwidgets_1.6.4
plyr_1.8.9
igraph_2.0.3
生命周期_1.0.4
pkgconfig_2.0.3
R6_2.5.1
fastmap_1.1.1
OpenMx_2.21.11
摘要_0.6.35
fdrtool_1.2.17
色彩空间_2.1-0
Hmisc_5.1-2
ggpubr_0.6.0
fansi_1.0.6
timechange_0.3.0
abind_1.4-5
编译器_4.3.3
withr_3.0.0
glasso_1.11
htmlTable_2.4.2
向后移植_1.4.1
内联_0.3.19
carData_3.0-5
QuickJSR_1.1.3
pkgbuild_1.4.4
ggsignif_0.6.4
corpcor_1.6.10
gtools_3.9.5
loo_2.7.0
工具_4.3.3
pbivnorm_0.6.0
外国_0.8-86
zip_2.3.1
nnet_7.3-19
胶水_1.7.0
Quadprog_1.5-8
nlme_3.1-164
lisrelToR_0.3
grid_4.3.3
将死_2.3.1
cluster_2.1.6
重塑2_1.4.4
generics_0.1.3
gtable_0.3.4
tzdb_0.4.0
数据.table_1.15.4
hms_1.1.3
xml2_1.3.6
汽车_3.1-2
utf8_1.2.4
sem_3.1-15
支柱_1.9.0
rockchalk_1.8.157
后验_1.5.0
样条线_4.3.3
格子_0.22-5
kutils_1.73
tidyselect_1.2.1
pbapply_1.7-2
knitr_1.45
gridExtra_2.3
svglite_2.1.3
stats4_4.3.3
xfun_0.43
桥接采样_1.1-2
qgraph_1.9.8
手臂_1.14-4
MatrixStats_1.3.0-9001 DEoptimR_1.1-3
rstan_2.32.6
stringi_1.8.3
yaml_2.3.8
boot_1.3-29
评估_0.23
codetools_0.2-19
mi_1.1
buildmer_2.11
cli_3.6.2
RcppParallel_5.1.7
rpart_4.1.23
xtable_1.8-4
系统字体_1.0.6
孟塞尔_0.5.1
coda_0.19-4.1
png_0.1-8
XML_3.99-0.16.1
并行_4.3.3
rstantools_2.4.0
jpeg_0.1-10
bayesplot_1.11.1
布罗丁纳格_1.2-9
viridisLite_0.4.2
mvtnorm_1.2-4
秤_1.3.0
openxlsx_4.2.5.2
rlang_1.1.3
mnormt_2.1.1


我尝试通过重新安装 lme4 和 Matrix 来解决问题,以防它们造成此问题,但没有成功。

r r-markdown lme4
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我相信是

buildmer
包与
Matrix
不同步。这之前出现在 lme4 问题列表 上,并被认为是
buildmer
的问题。 buildmer 问题列表中似乎没有任何内容 ...

我从干净的 R 会话中运行了以下代码:

library(lme4)
m1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), sleepstudy)
summary(m1)
library(buildmer)
m2 <- buildmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), sleepstudy)

结束于

诊断错误(来自,名称= FALSE): 找不到对象“unpackedMatrix_diag_get”
tmp@call 中的错误:

@
没有适用的方法应用于“try-error”类的对象

然后我重新安装了

buildmer
从源代码,重新启动 R,并且能够毫无问题地运行该示例。

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