slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器，专为各种规模的Linux集群而设计。

多行匹配：提取单独的行

我有类似的命令输出变量=“”“ 名字= 键1=值1 键2=值2 键3=值3 键4=值4 名字= 键1=值1 key2=val2 key3=v...

sed multiline slurm

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使用srun：如何设置节点数和核心数

我刚开始使用 srun 等命令。我想使用 1 个节点 1cpu 和 16 个核心启动并行作业，但我不知道在使用 srun 函数时应该指示什么。（1个节点由2个CPU组成...

parallel-processing cpu slurm cpu-cores

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SLURM：在多个文件上运行相同的并行脚本

我想做的是在数千个输入 csv 文件上运行相同的 python 脚本。 python 脚本是一个单进程脚本，它将单个文件作为输入并创建一个输出文件...

python bash gnu slurm gnu-parallel

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在节点上为 GPU 作业预留一些 CPU

我正在使用 Slurm 设置 GPU 集群。这些节点具有可变数量的 CPU 核心 (8-32) 和可变数量的 GPU (1-4)。将要运行的 GPU 作业通常需要很少的 CPU

gpu slurm

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使用 slurm 时使用 > 重定向输出是否多余？

我正在用 slurm 运行我的程序。我希望所有输出（和所有错误）都转到 logfile.log。我的批处理脚本是 #!/bin/bash #SBATCH --output=logfile.log #SBATCH --error=logfile.log 运行程序我

redirect slurm

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默认在 CPU 上运行作业，但在 Slurm 中可用时在 GPU 上运行作业

有没有办法用 sbatch 向 Slurm 提交作业，并在可用的情况下使用 GPU，但如果没有可用的 GPU，则在 cpu 上运行？设置：#SBATCH --gres=gpu:1 仅在可用 GPU 的节点上运行...

gpu cpu slurm

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SLURM/NFS 集群共享文件系统锁定了某些用户的权限

背景我使用 slurm 设置了一个 3 节点集群，一个控制节点和 3 个计算节点（控制节点兼作计算节点）。所有节点都在 linux mint 上，并且它们都通过...

module conda cluster-computing slurm nfs

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如何更改 SLURM 更新输出文件（stdout）的频率？

我正在使用 SLURM 在超级计算机上调度作业。我设置了 --output=log.out 选项，将作业的标准输出内容放入文件 (log.out) 中。我发现该文件已更新前夕...

stdout slurm

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使用slurm脚本运行其他snakemake slurm作业

我有一个功能性的snakemake配置文件，用于使用SLURM在HPC上运行作业。如果我在本地运行此脚本，作业将并行提交，并且一切都会按预期进行。然而，这个管道...

python slurm snakemake hpc

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Snakemake、slurm 和记忆

我很难理解snakemake如何向slurm提交作业。当我有一个基本的 slurm sbatch 脚本时，我通常会添加一行，例如 #SBATCH --mem=5G 确定 slurm 可能使用 5 GB...

memory resources slurm snakemake

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SLURM 数组在#SBATCH 选项中添加变量

我有一个 SLURM 阵列 #SBATCH --array=0-1000%10 我需要添加一个变量而不是“1000” 成为类似的东西 #！ /bin/bash 数字=$1 #SBATCH --array=1-${num}%10 或者如果还有其他的...

slurm

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如何将当前时间的目录作为SLURM日志路径的一部分

我有一个可以在Linux GPU集群中运行的.slurm文件。该文件是这样的： #!/bin/bash #SBATCH -o ./myrepo/output.log #SBATCH -J 作业名称 #SBATCH --gres=gpu:V100:1 #SBATCH -c 5 来源/home/LAB/

linux bash sh slurm sbatch

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如何为用户保留作业，以便在 slurm 中不达到总 CPU 数量？

我正在提交一堆数组作业，4组5组，每组8个cpu，所以总共4x5x8=160个cpu。我想将运行量保持在 100>2x5x8+1x2x8 cpu 总数以下，因为我需要让 ot...

bash cluster-computing slurm sbatch

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在 SLURM 上检查 R 中的可用内核

我运行了以下 SLURM RStudio 设置脚本（当前正在运行）： #!/bin/bash #SBATCH --作业名称=节点 #SBATCH --output=a.log #SBATCH --ntasks=18 #SBATCH --每个任务的CPU数=8 #SBATCH --mem-per-cpu=7gb ...

r parallel-processing rstudio future slurm

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SLURM 报告内存消耗

我试图了解一个简单的作业消耗多少内存（基于这个python脚本）。我在分配了不同数量的核心的单个工作线程上运行相同的脚本。结果

linux resources slurm hpc

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'--dependendy=aftercorr:已提交'slurm 选项无法识别

我有一个可以在 slurm 中运行的脚本。该脚本与作业数组 aftercorr 一起使用，或者至少这是我想要它做的。基本上它运行第一个作业数组没有任何问题，但是，它没有

jobs slurm

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如何使用 SLURM 运行多个作业（每个 GPU 一个）？

如果之前有人问过/回答过这个问题，我深表歉意，但即使在阅读了我能找到的所有内容之后，我仍在努力让 SLURM 做我想做的事。假设我有一台有 4 个 GPU 的机器。我想训练 4