slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器，专为各种规模的Linux集群而设计。

我在一个 slurm 集群上工作，我想知道我当前使用了多少 cpu 和内存。我的主要问题是区分 8G 和 8Gc 的内存使用情况。（前者是原始所需的内存...

bash awk slurm

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我想知道如何在 Slurm 中使用 --begin 命令来错开每个数组元素的开始。我尝试了以下代码： #!/bin/bash -l #SBATCH --time=48:00:00 #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH ...

bash jobs slurm

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OSU 基准在容器中使用 UCX 时完成后挂起打印结果

我正在尝试使用 UCX 来提供更多具有性能的便携式 MPI 应用程序容器。所以我想比较使用 UCX 替换方法，即挂载系统将 UCX 构建到容器中......

containers mpi slurm microbenchmark ucx

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Snakemake 和 GROMACS 之间的冲突？

我试图尽可能地简化我的问题，但仍然出现错误。整个想法是我想执行（在更复杂的工作流程中）命令： gmx mdrun -nt 12 -deffnm em...

bash shell slurm snakemake

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slurm：优先考虑需要较少系统资源的作业

如何为需要较少系统资源的 Slurm 作业提供高优先级？假设系统资源仅基于 CPU 和内存使用情况。我查看了 Slurm 文档并提出问题......

slurm hpc

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如何在 SLURM 上正确设置 Snakemake？

管理员暂时阻止了我，因为我的作业正在登录节点上运行。我不确定我是否正在设置 SLURM 配置文件并正确调用 Snakemake，因为我遇到了一些问题......

slurm snakemake hpc

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检查运行作业的sbatch脚本

从 sbatch 脚本运行 slurm 作业时，是否有命令可以让我查看用于启动该作业的 sbatch 脚本中的内容？例如 sacct 告诉我我在 SLURM_JOB_ID.3 上...

slurm hpc

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未调用函数中的代码导致 MPI 程序在跨节点时失败

我正在使用mpiP来跟踪MPI程序，并对mpiP进行一些修改。我想记录MPI函数参数信息，所以我创建了一个缓冲区。我在下面的 mpiPi.h 中添加了一个 list_t 结构：类型定义

mpi trace slurm openmpi

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在 Slurm/Sbatch 中同时对多个输入文件运行相同的 python 脚本

我正在尝试制作一个在数十/数百个输入文件上运行 python 脚本的 slurm 文件。每个进程都是单线程的，彼此完全独立，我想通过 r... 加快速度

parallel-processing slurm

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在 slurm 集群中运行脚本时如何修复 perl 语言环境设置错误？

我想运行一个名为 trinity 的程序，该程序使用我研究所的高性能集群部分用 perl 编写。我使用 conda 来安装 trinity 并尝试通过提交 ...

perl locale slurm hpc

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如何解决 SLURM 的这些错误？

#SBATCH -J myjob # 作业名称 #SBATCH -o myjob.o%j # stdout输出文件名（%j对应job id） #SBATCH -e myjob.e%j # 名字...

bash slurm

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slurmd: error: Couldn't find the specified plugin name for cgroup/v2 looking all files

我在计算节点上启动 slurmd 服务时遇到问题。 × slurmd.service - Slurm 节点守护进程已加载：已加载（/usr/lib/systemd/system/slurmd.service；已启用；供应商预设：已禁用）交流...

centos slurm

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Slurm 作业输出文件

我正在运行多个作业，试图获得更好的性能结果。为此，我正在生成一个 UUID 并需要输出的文件名来包含此 UUID。目前，我正在定义名称...

slurm sbatch

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为什么我在使用 sbatch SLURM 时一直收到 NonZeroExitCode？

我有一个简单的 test.ksh，我正在使用以下命令运行它：分批测试.ksh 我不断收到“JobState=FAILED Reason=NonZeroExitCode”（使用“scontrol show job”）我已经确定了

linux slurm sbatch

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SLURM 作业数组中不同作业的时间不同

考虑以下示例 .sh 文件，尝试使用 SLURM 安排一些作业 #!/bin/庆典 #SBATCH --account=exacct #SBATCH --time=02:00:00 #SBATCH --job-name="ex_job" #SBATCH --arr ...

bash parallel-processing scheduler jobs slurm

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SLURM - 强制 MPI 在不同的物理 CPU 上安排不同的等级

我正在 SLURM 下的 8 节点集群上运行实验。每个 CPU 有 8 个物理内核，并且具有超线程能力。运行程序时 #SBATCH --nodes=8 #SBATCH --ntasks-per-node...

mpi slurm

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如何判断我的程序是否在核心和/或线程上运行（slurm/mpirun，htop）

我正在尝试在 48 个内核上运行并行化 (OpenMPI) 程序，但无法明确判断我是真正在内核上运行还是在线程上运行。我正在使用 htop 来尝试照亮核心/

slurm openmpi htop

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从不同但匹配的子目录提交多个 slurm 作业的脚本

最近我一直在生成几个系列的输入文件，以使用 Slurm 排队系统在 HPC 上运行计算。这些计算都放在 D001、D002 等形式的子目录中....

bash while-loop slurm

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如何在 SLURM 中分配内存？

我是 Slurm 的新手。下面，我想执行一个 Python 文件，它需要 92.3GiB。我分配了 120GB，但我的代码仍然返回内存错误。提交_venv.sh #/bin/庆典 #SBATCH --account=melchua #SBAT...

python memory memory-management slurm hpc

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Slurm SBATCH 不保存所有系统输出所有作业失败

我正在使用 Slurm 在集群上运行需要大内存的作业。我使用标志 --output 来保存系统输出。如果作业完成，这将成功保存系统输出...

slurm sbatch

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