fasta 相关问题

FASTA是用于蛋白质和核酸的序列比对的软件包。 FASTA也是这些程序用来表示肽或核苷酸序列的文件格式的名称。该格式是生物信息学中事实上的标准。

我该如何计算字母的频率

我有这样的数据> sp | Q96A73 | P33MX_HUMAN推定的单加氧酶p33MONOX OS = Homo sapiens OX = 9606 GN = KIAA1191 PE = 1 SV = 1 ...

awk sed bioinformatics fasta

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使用python的子串multifasta文件

我试图从位置2到8的multifasta文件中提取序列（microRNA的种子）。为此，我编写了一个小的python脚本。该脚本有效，但我无法编写输出文件....

python substring bioinformatics biopython fasta

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Multifasta标题修剪

我有一个multifasta文件，我需要删除每个fasta文件的标题的一些部分。例如：> Viridibacillus_arenosi_FSL_R5_0213-BK137_RS04360-22-CBS_domain-containing_protein

bash awk sequence fasta

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在Python中连接两个fasta文件

我有两个数据文件（FASTA），每个文件代表一个基因，序列由物种和本地识别。我想将这些文件连接成一个例子：psbki.fas：> ...

python for-loop if-statement concatenation fasta

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如何使用python获取fasta文件中重复序列的计数

我有一个这样的固定文件：test_fasta.fasta> XXKHH_1 AAAAATTTCTGGGCCCC> YYYXXKHH_1 TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA> TTDTT_11 TTTGGGAATTAAACCCT> ID_2SS TTTGGGAATTAAACCCT ...

python fasta

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有没有办法替换所有出现的某些字符，但仅限于每第n行？

我试图用fasta文件的序列部分中的N替换所有不是C，T，A或G的字符 - 即每隔一行我认为awk和tr的某些组合是我需要的...... ...

awk fasta tr

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从FASTA文件中，仅提取具有指定分类的条目

我想提取来自人类分类法的fasta文件的所有条目，并将这些条目转换为新的较小的fasta文件。我正在尝试使用R，但我不知道该怎么做。两个......

r subset extract taxonomy fasta

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如何使用嵌套循环，循环遍历数组元素？

来自R background，我想在python中尝试嵌套for循环。我在下面的代码中循环遍历每个类型的迭代时遇到问题。我的代码适用于类型[0]，但不适用于连续...

python fasta

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使用条件匹配一行中的多个模式

我有一个这样的fasta文件：myfasta.fasta> 1_CDS AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG AAATTATTA> 2_CDS TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA> 3_CDS TTTGGGAATTAAACCCT> 4_CDS TTTGGGAATTAAACCCT> 5_rRNA ...

python bioinformatics fasta

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使用python对fasta序列的顺序进行排序

我有一个fasta文件（由>标题和序列行组成）如下：myfasta> S.sclerotiorum_Ch16_153_209 AACCCTAACCCTAACCCTTGATTGATTGATTGATTGATTGAT TGATTGATGAAATTATAGTCTCCGTAAAGCAAATAAAGCATT ...

python fasta

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将FASTA转换为GenBank

有没有办法使用BioPython将FASTA文件转换为Genbank格式？关于如何从Genbank转换为FASTA的答案有很多，但不是相反。

biopython fasta genbank

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从文件名，重叠群标识符和序列长度创建数据帧

我试图从fasta文件创建一个数据框，其中包含一个标题（重叠群的名称）和一个DNA序列。在我的数据框的第一列中，我想要文件的名称，...

python bioinformatics fasta

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提取多个列并在其间添加空字符

我有一个格式如下的文件：TRINITY_DN119001_c0_g1_i1 4 * 0 0 * * 0 0 GAGCCTCCCTCATGAATGTACCAGCATTTACCTCATAAAGAGCT * XO：Z：NM TRINITY_DN119037_c0_g1_i1 4 * ...