Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
我正在构建一个蛇形管道。我有一个config.yaml文件，我想在其中存储通配符约束。说我在配置文件中有此块：wildcard_constraints：sa mple：'[^ _ /] +'...
这是我在Snakemake上的第一个问题，因为现有的资源和论坛极大地帮助了我解决了我的大部分问题。我目前遇到的问题是我无法制作bash脚本...
Snakemake：如何实现将输入/输出文件复制到tmp文件夹并从中复制规则并在其中应用规则的机制
我们使用Slurm工作负载管理器将作业提交到我们的高性能集群。在作业运行期间，我们需要将输入文件从网络文件系统复制到节点的本地文件系统，然后运行...
我的代码如下：规则my_rule：输入：in_one = rules.some_rule_one.output，in_two = rules.some_rule_two.output，输出：some_output run：with open（input ....
[我有一个简单的python函数，可以接受输入并创建输出def define_overlapping_region（input，output）：fi = open（input，“ r”）fo = open（output，“ w”）df = pd.read_table（ fi，...
Snakemake，使用glob_wildcards跳过子目录的任何方式
我是SnakeMake的新手。我正在尝试使用这个简单的Snakefile自己教它：（IDS，）= glob_wildcards（“ {id} .txt”）print（str（IDS））规则全部：输入：expand（“ out / {id} -1 .txt“，...
Snakemake正在运行Subworkflow，但不是其余的工作流程（直接进入规则All）
我是Snakemake和StackOverflow上的新手。如果有不清楚的地方或想要其他细节，请随时告诉我。我编写了允许转换.BCL Illumina Base ...
snakemake-wrappers是否被获取一次并存储在本地？还是每次都从远程URL获取？
当snakemake包装器与snakemake脚本一起使用时，它们是不是每次都从远程URL获取，还是存储在本地？我看不到它们存储在.snakemake目录中的任何位置，这使得...
我在snakemake中有此规则：输出：结果+文件夹目标+“ /{feats}/{edges}/{labels/predictions_{e}_{n}_{h}_run{r}.csv” dir = directory（结果+文件夹目标+“ / ...
Snakemake管道运行规则1的一个实例以生成多个文件，然后每个文件运行规则2的一个实例
我想使用snakemake运行第一个规则的一个实例，该规则接受一个输入文件并创建多个输出文件。然后，我想将每个输出文件作为第二条规则的输入。我只想要...
我是蛇制作的新手，我不知道如何解决这个问题。我的规则有两个输入：规则测试input_file1 = f1 input_file2 = f2 f1在[A {1} $，A {2}£，B {1}€，B {2}¥]中...
Snakemake-尝试使用global_wildcards时出现问题（TypeError：预期的str，得到了列表）
我是使用Snakemake的新手，也不是Python方面的专家，所以答案可能很明显。在我的测试中，工作流中的所有内容都可以正常运行，直到我尝试使用glob_wildcards以便...
我从本地计算机与远程服务器上的ssh连接，我想在远程服务器上运行Snakemake，我希望将其用作规则输入，该文件位于本地计算机上，当然，因为我...
我正在使用snakemake构建管道，并使用conda和奇异环境来确保可重复性。我遇到了一个错误，我的绘图上的文本被矩形代替了...
使用snakemake运行metabat2，但未获取bin文件
我一直在尝试使用snakemake运行metabat2。我可以运行它，但是metabat2 /中的输出文件丢失了。在使用数据后可以工作的checkM可以正常工作，我只是找不到文件...
我正在尝试使用Snakemake读取.txt文件的大型英语语料库，并在它们上运行python脚本，但是当我运行它时，它似乎完全死机了-我已经将它放置了相当长的一段时间，没有...