snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

如何轻松地对管道进行DAG分析？

要优化管道，了解速率限制规则或路径很重要。根据DAG分析，是否有任何方法可以轻松计算关键路径或关键事件？

directed-acyclic-graphs snakemake

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如何在Docker容器中使用奇点？

我对Snakemake容器的官方图片有疑问。 https://hub.docker.com/r/snakemake/snakemake/dockerfile在此Dockerfile中，将安装奇点。据我所知，--...

docker snakemake singularity-container

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Snakemake特殊符号通配符

我具有Snakamake规则，如下所示，我的通配符包含特殊字符，因此我使用sub对其进行转义，请参见此处的答案。输出文件：data / extract_AAV（1）.csv。导入重新规则get_data：输入：...

python python-3.x snakemake

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snakemake-如何根据产生可变数量文件的先前规则制作输入文件列表

说，我从一堆这样的文件开始：group_1 sample1_content.txt sample2_content.txt sample3_content.txt group_2 sample2_content.txt sample3_content.txt ...

python snakemake

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snakemake在作业完成后丢失输出异常

我正在通过snakemake运行DASTool，由于某种原因，尽管我得到了出纸槽，但以下错误使我们无法正常工作。由于我有输出，这是一个小麻烦，但它会杀死我的snakemake运行...

wildcard missing-data snakemake

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Snakemake无法读取R中的完整文件吗？

我在执行量化（kallisto / salmon）后，使用一些快速的R脚本来绑定文件。问题是，我得到一个R错误，说我的输入文件长度不一样，所以cbind（）无法工作。 ...

r bioinformatics snakemake cbind rna-seq

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用python在左上右下移动方形框

我正在尝试使一个块上下左右移动。在我遵循的教程中，此代码运行正常。我已经多次检查此代码，但找不到任何错误。 ...

python debugging pygame snakemake arrow-keys

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Snakemake无法识别规则

我正在用Snakemake编写管道，程序无法识别规则串。我找不到我在做错什么。我已经运行过fastp和star规则，问题是特定于...

bioinformatics snakemake

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访问cluster.yaml文件中的jobid

我正在尝试将其他目录用于在集群上运行的snakemake工作流程的日志。因此，我的cluster.yaml文件如下所示：__default__：时间：5:00:00线程：5 vmem：10G ...

snakemake

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shell（）函数在运行中不使用奇点

编辑，我现在已经将此问题作为问题发布在Snakemake比特桶上，因为这似乎是未知行为。我正在使用带有--use-singularity选项的snakemake。当我使用经典的...

snakemake

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Snakemake InputFunctionException。 AttributeError：“通配符”对象没有属性

我有一个列表对象，其中ChIP-seq单端fastq文件名为allfiles = ['/ path / file1.fastq'，'/ path / file2.fastq'，'/ path / file3.fastq']。我正在尝试将该对象（所有文件）设置为通配符（我想要...

wildcard snakemake

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在Snakemake参数部分使用特殊符号

我创建了以下snakemake规则：rule cutadapt：输入：输入输出：输出日志：记录参数：“ -a'A {100}'--nextseq-trim = 20 -m 20” ...

python snakemake

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snakemake。创建多个目标时如何从命令行传递目标

在上一个问题之后得到帮助，此代码创建了目标（两个目录中每个目录中名为“ practice_phased_reversed.vcf”的文件的副本。dirs = ['k_1'，'k2_10']规则全部：输入：...] >

snakemake

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snakemake：将文件复制到多个文件夹

我是蛇制作新手。我有一条规则可以将文件复制到多个文件夹。文件夹是用python制作的。关于多个目标，我一定会误会。以下代码，...

snakemake

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Snakemake：返回并清理temp（）文件

我知道有人问过这种形式的变体（例如https://groups.google.com/forum/#!topic/snakemake/4kslVBX2kew），但我没有确定的解决方案。如果我运行了长时间且复杂的...

snakemake

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包括子Snakefile并生成其输出

问题是，当我将其他子Snakefile文件包含到主Snakefile中时，将永远不会生成子Snakefile文件的输出。如果有帮助，我认为这是可选的“ ...

python include snakemake

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在（正确的）conda环境中将蛇形作业提交给集群

我正在编写一个蛇形文件，它将对多个样本执行多个操作。验证本地计算机上运行的工作流之后，现在我正在......>

python python-3.x conda snakemake

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Snakemake语法错误：run / shell / script / wrapper / cwl在规则后没有规则关键字

我的samtools_dup规则存在问题。它说：“ / data / mypipeline.smk的第201行出现SyntaxError：在samtools_dup规则中的run / shell / script / wrapper / cwl之后不允许使用规则关键字。（mypipeline ....

syntax-error rules snakemake

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snakemake文件中ABRICATE csv结果的连接

我想将程序ABRICATE（github.com/tseemann/abricate）的多个csv文件结果串联到单个csv文件中。以下snakefile通过fasta文件的文件夹运行...

python csv snakemake

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Snakemake-Tibanna配置支持

我试图运行snakemake --tibanna，以使用Tibanna创建的“独角兽”步骤功能将Snakemake部署在AWS上。我似乎找不到改变Tibanna接受的不同参数的方法，例如...

snakemake

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